郑成功去世后，由他的长子郑经继位。新兴的清王朝念念不忘威胁自己王朝的南明势力，于是对台采取了迁界之策，将大陆沿海各省海边居民尽迁入内地，离海30里村居民宅全部烧毁，制造“无人区”，以此堵绝台湾与大陆的联系。因为清廷的封锁，台湾非常缺粮，郑经决定从大陆沿海招纳大量流亡人口，郑经对外实行开放政策。并与英商签订了通商协议。此后，每年有几艘英船载着步枪、火药、精细器皿来台与台湾的香料、蔗糖等物质交换，使清廷的封锁政策对台湾没有什么效果。郑经雄心勃勃，欲扬先父的雄姿收复中原，然而他心有余而力不足，虽两次渡海出师西征福建，但败得很狼狈，手下20万大军投降者无数，因两次西征台湾之民力亦因支撑战争而消耗殆尽；郑经壮志未酬而意志消沉，于1681年春病死，时年才39岁。

　　清王朝康熙皇帝得到郑经暴死后诸子争位而郑经当年两次西征使台湾民力因支撑战争而消耗殆尽的情报，立即启用精通海战原郑氏降将时任内大臣的施琅出任福建水师提督，全权负责攻台事宜。

　　1683年7月8日，施琅亲率战舰230艘，二万余人自福建铜山出发，9日上午前锋船只抵澎湖。10日发起进攻，先后焚毁、击沉和俘获郑军大船89艘，其他小船107艘，杀死郑军将领头目300余人，士兵12000余名，其余的郑军纷纷投降。施琅在歼灭郑军后，立即安抚当地居民群众，对郑军将领以礼相待；士卒则给他们银米；有负伤的人也代为医治；有欲见妻子儿女的则派小船将他们送到台湾。投降的士兵把这一切在岛内辗转传述，岛内人心更加涣散，毫无斗志。1683年10月施琅率军登上台湾岛，迫于形势，郑经的儿子郑克塽只好上表求降。自此结束了郑氏在台湾的22年统治。

　　康熙皇帝接受施琅的建议，将台湾收入中国版图称为台湾府，下设三县，由福建省巡抚管理。从此，台湾重新回到祖国统一大家庭的怀抱。