在体制上，随后虽仍旧规定中央政治委员会在党务方面应对中央执行委员会负责，有关决定事后应请求追认，但政治及外交事务则明确权限归于孙中山。[注释：转见李云汉《从容共到清党》，第2卷，第457～458页。]而事实上，既然孙中山自任主席，政治委员会在党务方面的决定自然也就具有最后决定的意义，所谓事后追认云云，不过形式而已。在中央执行委员会和监察委员会之外另设这样一个委员会，排除了这时中央执监委会议的主要参加者林森、邹鲁、邓泽如、于右任、柏文蔚、李烈钧、邓家彦，以及张继、谢持等人，清楚地反映出孙中山这时对国民党“一大”推举的中央执行委员会的职能，特别是对其中多数老党员的作用，有相当的不满。

　　过去国民党中央长期在上海，1923年底开始改组前夕已被孙中山迁到了广州。此举便利了孙中山将众多留在上海的老党员排除在决策圈外，而把权力集中于拥护其联俄容共主张的干部手中。随后孙又引入鲍罗廷来做高等顾问，直接参与中央决策过程；成立中央政治委员会，架空中央执行委员会，这一系列做法都使张继等人极为不安。7月3日，国民党举行的中央执行委员会第四十次会议，张继首先发难，表示反对。他自然不便直接反对政治委员会的设置，但将矛头首先指向鲍罗廷。张继称，他和谢持6月25日曾为弹劾共产党问题前往鲍罗廷寓所质询过鲍，得到的回答竟然是：“国民党已死，国民党已不成党”。“党中分派是不能免，党之中央执行委员会实际上不能做党之中心”。“加入新分子如共产党者，组织党团，可引起旧党员的竞争心，则党可复活”。“希望左派右派相争，发生一中央派作党之中心”。[注释：《谢张两监察委员与鲍罗廷问答纪要》（1924年6月25日），见北京师范学院政教系、上海师范学院政教系选编《共产国际与中国革命资料选辑（1919—1924）》，人民出版社，1985，第310～311页。]他认为，鲍罗廷这样的人绝不应当被聘为国民党的高等顾问。对此，谭平山与张继发生争论。汪精卫、廖仲恺都明显地站在谭平山一边。汪批评张继“说了许多多余的话”，“顾问是总统任命的，对此我们无可非议。”廖仲恺并且同意“国民党”已经死亡的说法，说是因为“如果党员不努力工作，不服从党规，就意味着这个党已死亡”。而“至今还有许多组织不赞同新党章”。[注释：前引《国民党中央执行委员会第40次会议情况通报》。]

　　政治委员会的组成以及7月3日会议上的争论结果，清楚地显示出邓泽如等人的弹劾案可能遭遇的命运。事实上，还在开会之前，中央政治委员会就已经决定通过“设联络部以解纠纷”。然后国民党、共产党和共产国际代表各一人，协同商议，提出方案经政治委员会报呈孙中山决定。[注释：转见李云汉《从容共到清党》，第324页。]孙则决定，在8月前后召开中央执行委员会全体会议，讨论弹劾共党案。

　　由国民党来讨论裁决共产党的问题，这对刚刚通过决议要求加强独立自主和阶级斗争的中共中央来说，无异于当头闷棍，顿时在上海的中共领导人当中激起强烈不满。他们深信，对孙中山此举只能反击，而国民党很可能会借机要求中共党员退出，两党关系难免破裂。因此，中共中央迅速发布党内通告，强调：虽然“我们为图革命的势力联合计，决不愿分离的言论与事实出于我方，须尽我们的力量忍耐与之合作”，但鉴于国民党右派对我们的攻击和排挤日甚一日，今后态度上必须更加坚定，不仅要公开谴责右派，在国民党内展开派别斗争，而且凡是表示左倾的分子，都不应再介绍其加入国民党。为预防万一，现在应努力争取指挥工人、农民、学生、市民各团体的实权，在可能时即发起国民对外协会，以便不得已时取代旧国民党而做“未来的新国民党之结合”。[注释：《中央通告第十五号》（1924年7月21日），《中共中央文件选集》第1册，第282～283页。]

　　自从加入国民党以来无穷无尽的纷扰，早已让陈独秀对此种政策的正确性产生怀疑。孙中山决定受理弹劾案的态度，更进一步使他对孙中山的认识发生改变。在写给维经斯基的信中，他明确讲：所谓国民党内的右派，其实都是些反共分子。如果说还有一些左派，其实都是我们自己的同志。过去认为孙中山和一些领导人算是左派，现在看来，他们也都只能算是中派，并非左派。在这种情况下继续支持国民党，只能是支持国民党的中派乃至右派，因为他们控制着国民党的全部机构，在他们的国内政策中有许多反劳工的东西，在他们的对外政策中则有许多反苏联的东西。他断言：继续这样支持国民党，必将给远东地区的革命带来严重影响。他强烈地“希望共产国际据此制定新的政策”，再“不应当毫无限制地支持国民党了”。[注释：《陈独秀致维经斯基信》（1924年7月13日），《共产国际、联共（布）与中国革命档案资料丛书》（1），第507页。]