蒋介石提出整理党务案，目的是限制共产党的发展，确保自己的和国民党的政治生命与前途，而不是想要马上和共产党分手。一直在做军校校长并且带兵打仗的蒋，比较两年前和两年来的经历，比较国共两党军官、教员和学生的工作精神和工作能力，他的感受同孙中山、戴季陶等人一样，深知共产党青年“最能奋斗”。蒋以往所以在国共两党的争执和冲突中始终坚持对自己部下的共产党员不做公开批评的方针，包括对共产党人在国民党人中发展自己的党员也无意深究，一个很重要的原因即在于，他知道两党关系过于脆弱，不愿因为自己的过度反应而造成军队内部的破裂，逼走共产党人，削弱部队的战斗力。因此，当他在“三二”事变后开始考虑不得不让第一军中的共产党员党代表退出去的时候，他最突出的感触就是：“对于退出军队之共产分子甚难为怀也”，以后“军队政治工作无人”了。他为此不止一次地公开解释说：他这样做实在是不得已，“此退出本军全部之同学，其果人人诬蔑总理人格者乎？其果人人违反三民主义者乎？”相反，在他看来，这些干部一大半在做军校学生的时候，都“是最亲爱、最可宝贵的”，他们做党代表其实也“很努力，对于革命工作很能效力的”，“一个可以当十个用的，并且是有团结的，可以随时制服其他一切的”。但也正因为如此，不让他们退出第一军，威胁太大；让他们退出第一军，又“损失莫大焉”。“不惟革命前途上受一莫大之损失，即我诸同学凡为革命分子者之个人，无形中亦皆受极大之损失。而我团体之损失固不待言矣。”尤其从他个人的角度，其损失尤为巨大，因为“二年心血尽于此矣” [注释：蒋介石：《对黄埔军校官佐学生训话》（1926年4月9日），《蒋介石言论集》第二集，第419页；《蒋介石日记》原稿复印本，第4盒，1926年4月10日；《蒋介石劝告军校同学书》（1926年4月14日），1926年4月26日上海《民国日报》第二版；前引《宴退出第一军党代表及官长演说》。]。

　　基于这样一种心态，蒋介石虽然对视为自己看家本钱的第一军，不得不采取断然处置，却并不愿意看到两党关系的根本破裂，因为这意味着这些“最能奋斗”的青年可能因为不能参加他的军校而永远无法参加他的军队。他因此还是反复宣传过去的观点，即国共两党应当在三民主义的基础上团结起来。他力图向共产党员说明，中国今天需要的首先是三民主义，然后才是共产主义。他在为退出第一军的党代表举行的宴会上明白讲：“共产分子尽管信仰共产主义，而他的环境的需要，一定是三民主义，所以一定要做三民主义工作才行。”用他的话来说，“现在中国革命情形，有利于三民主义的，亦必有利于共产主义”，“实行三民主义，就是实行共产主义”。[注释：前引《宴退出第一军党代表及官长演说》。]也正因为如此，蒋仍在试图根本消除军队内部两党党员的冲突。他取消了青年军人联合会和孙文主义学会，自己出面组织了一个黄埔同学会，既请了孙文主义学会的干部，也请了青年军人联合会的干部来参加筹备和组织，力图使两派同学慑于自己的权威而不再相互对立。在北伐开始之后，蒋更打破畛域，重新启用了一批共产党员进入第一军参加军事工作。如原第一军第三师第七团党代表、青年军人联合会负责人蒋先云，在被蒋指派为黄埔同学会筹备委员后，更任命他为自己的侍从秘书，补充第五团团长。原第一军教导师党代表包惠僧，事变后改任黄埔军校高级政治训练班政治主任教官，后又被指派为国民革命军总司令部国民党特别党部执行委员。原第一军第一师第二团团长、党代表金佛庄，事变后调任黄埔军校第四期步兵军官第一团军事学主任、军校法规编审委员会委员长，北伐后又被任命为国民革命军总司令部参谋处副处长兼第三科科长、总司令部警卫团团长。原第一军第一师第一团团长郭俊，北伐后又被任命为第一军第二师第六团团长。原第一军第三师补充团党代表王逸常，北伐后又被任命为第一军政治部组织科长。原黄埔军校教导二团辎重队长梁锡古，北伐后又被任命为军校入伍生总队辎重教官。……蒋的心思还是一样：“CP分子退出了军队，如果永远不加入进去，终会使军队减少许多革命力量。” [注释：蒋介石：《对军官学校高级训练班讲演词》（1926年5月27日），1926年6月15日《新闻报》。]

　　既不愿意看到共产党员统统退出军队，又深知整理党务案通过后，两党关系已呈不进则退之势，再难将共产党员重新收到麾下来，蒋介石开始设想最彻底的解决办法。很明显，他早就怀疑，中国革命是否需要有两个革命党。就思想上而言，他在事变后已经逐渐地回到孙中山的观念上来，开始怀疑阶级斗争的主张在现时是否必要。过去他极力宣传国民革命不仅要反帝反军阀，而且还要反对地主资本家和土豪劣绅，否则不能完成革命。如今他悄悄地改变了说法，再三说明国共两党的区别，就在于它们所代表的阶级不同。