光宗病重之时，郑贵妃依然住在乾清宫，等待封她为太后。朱常洛的外戚王、郭二家发觉郑贵妃可能有异谋，便向朝中的大臣们哭诉：“崔文升进药是故意，并非失误。皇长子朱由校也常常私下里哭泣：‘父皇身体健康，何以一下子病成这样?’郑、李谋得照管皇长子，包藏祸。”大臣杨涟、左光斗等人听后，立即上了一道奏折，分析皇上“圣躬违和”的原因，指责崔文升违反药理，故意用“相伐之剂”，致使皇上“圣躬转剧”，主张将崔文升拘押审讯，查个水落石出；并且建议皇帝收回进封皇太后的成命。让郑贵妃先离开乾清宫，搬回慈宁宫居住。此时，光宗的身体已经有所好转，还同两位大臣见了面，交待了一些朝中的事情。

    但是，谁会想到接下来光宗却神秘的驾崩了呢。八月二十三日，鸿胪寺官员李可灼来到内阁，说有仙丹要进呈皇上。内阁首辅方从哲鉴于崔文升的先例，以为向皇上进药要十分慎重，便在觐见奏事完毕后，向光宗提起李可灼进献红丸的事情。光宗听了之后，很感兴趣，速召李可灼进宫。李可灼来了之后，为光宗把脉，并把光宗的病源和“仙药”的神奇说的是天花乱坠。光宗大喜，急切地要求李可灼速速服侍自己进药。光宗吃完药之后，顿时感觉浑身舒畅，全身暖润。说这果然是仙药，大臣们见皇上的病情好转也都十分的高兴，便从乾清宫退了出来，只留了李可灼及几个近侍的太监在身边。光宗皇帝服药后感觉十分的舒服，怕药力不济，就又向李可灼要了两粒仙药服下。此时，外官派人前来探问皇上的病情如何，李可灼说皇上服药后，病情已经稳定，大臣们认为李可灼为皇上诊病有功，令赏李可灼白银五十两，绫罗两匹。出乎意料的是，到了第二天凌晨，光宗的形势便开始急转直下。朱常洛服用了两粒红色丸药之后，五更时分病情突然恶化。大臣们听到太监的紧急宣召，急忙赶到宫中时，皇上已经“龙驭上宾”了。

    光宗从继位登基到突然死亡，满打满算才三十天的时间。有幸成了明朝历史上在位时间最短的皇帝。同时，光宗皇帝的死因也是扑朔迷离，在他死后引发了一场轩然大波。并为历史留下了一个千古疑案。光宗到底是怎么死的？李可灼所进红丸究竟为何物？围绕这两个问题大臣们争论不休，相互攻击。有人认为，这件事与郑贵妃有关，光宗两次卧病都是由于进药，两次进药之人又都与郑贵妃有关系，御医崔文升原是郑贵妃的属下，李可灼及引荐之人方从哲也是郑贵妃集团的人。同时，大家认为光宗第一次病重是由于过度的接近女色，是纵欲过度，身体虚弱，需要温补之剂，慢慢的调养。而不应该使用大泄药物。第二次病重是因为大泄之后，圣体脱水致虚。病中还能召见大臣，病不致死，若用平和的药剂慢慢的滋养，自然会好转。而李可灼所进的红丸显然是春药一类的助火药，这种药含有红铅。可当时令人感到精力倍增，但是根本上却是要涸泽而渔，对于圣体大虚的光宗来讲，只会加速他的死亡。这件事显然是有预谋的。两派大臣激烈争论没有结果，最后，为平息事态，只好将崔文升、李可灼二人拉来做了替罪羊。判李可灼误用药剂，致使圣上大行，流戍边远。崔文升发配南京充净军。

    “红丸”一案由于各派的争斗总算草草了解，但其中的疑点并没有弄清楚。后人为此曾进行过一系列的考证和争论，但最后也都没有结果。光宗的死是否与红丸有关依然是一个千古之谜。