1926年3月两广统一之后，顺应历史潮流，广东革命政府于1926年7月9日正式誓师北伐，轰轰烈烈的北伐战争开始了。白崇禧应蒋介石之邀出任北伐军副总参谋长，代理总参谋长之职，统筹全局，指挥作战。他随北伐军总司令部经长沙、武汉，然后进军江西。随后，白崇禧担任东路军前敌总指挥，率军向东追击。他运用声东击西战术，先后占领杭州、宜兴、吴江等地。在上海工人三次武装起义高潮中，白崇禧进入上海，兼任淞沪卫戍司令。

    4月2日，蒋介石、吴稚晖、陈果夫、李宗仁、白崇禧等在上海召开秘密反共会议，4月12日发动政变，大肆捕杀共产党人和革命群众。白崇禧是这次政变的指挥者与执行者。4月18日蒋介石在南京成立国民政府，与武汉政府抗衡，宁汉相争。李宗仁、白崇禧不愿蒋介石坐大，逼迫蒋介石下野。在随后的龙潭战役时，白崇禧从上海筹措军政费用返回南京途中，被阻于无锡、镇江之间。白崇禧知南京战事紧张，临危不乱，在无锡就地指挥，配合李宗仁，取得胜利。10月20日，南京军事委员会下令“讨伐唐生智”，白被任命为前敌总指挥；1928年1月5日，南京政府任命白为西征军总指挥，进攻湖南唐生智部，25日占领长沙，并将唐军收编。

    1928年4月8日，两湖各军改编为第四集团军，李宗仁任总司令、白崇禧为前敌总指挥。白崇禧率部向北进发。5月31日，白部攻克保定。6月1日占领宣化后，向怀来追击。孙传芳见大势已去，通电下野；张作霖知道已无可抵挡，于6月2日通电出关。4日，张作霖的专列在沈阳附近皇姑屯被日本军国主义者预先埋置的烈性炸弹炸毁，张当场身亡。6月8日后，白崇禧部开进北京。11日，阎锡山、白崇禧联袂进入北京。9月2日，白崇禧由北平到达天津，誓师东征张宗昌残部。白设司令部于唐山，指挥进剿，张军一触即溃。

    由于桂系军阀控制了两广、两湖，还在平、津两地扩充军队，并且排挤了忠于蒋介石的湖南省主席鲁涤平，严重地妨碍了蒋的个人独裁。1929年3月21日，蒋介石将李济深软禁于汤山，此举激怒了李宗仁、白崇禧，两人率部宣告反蒋。蒋介石撤销了李、白本兼各职，并将两人开除出国民党，致使矛盾更加激化。3月29日，蒋桂战争爆发。蒋介石利用分化手段，收买桂系师长李明瑞等人阵前倒戈，迫使桂系放弃武汉。在北方的白崇禧部也被蒋介石分化收买。白崇禧在廖磊的帮助下，搭乘英商太古公司的轮船南下香港，此事被蒋介石的特务探悉。蒋密令上海卫戍司令熊式辉，等该轮驶到吴淞口外，即用武力强行搜查，将白逮捕解京；如果该轮拒绝搜查，则令海军炮舰把它击沉，外事交涉以后再说。幸好这一情报为桂系得知，于是请许崇智设法营救。许即花10万块钱，以日本军校同学关系疏通了日本人，派一快轮追上太古公司的轮船，将白崇禧接过日快轮，直接把他送到香港。但桂系的反蒋并未动摇蒋的根本。

    1930年5月10日，李、白又同西北的冯玉祥联合反蒋。蒋与冯、阎、桂在中原地区展开大战，双方动用兵力100多万，死伤30多万。至1930年10月，中原大战结束，蒋获得胜利。白崇禧随李宗仁退回广西，他们以自治、自卫、自给相标榜，锐意经营广西。

    抗日战争爆发后，蒋桂之间的矛盾暂时得以平息，以李宗仁、白崇禧为首的桂系部队立即开赴华北战场，加入中国军民抗战的行列。白崇禧被任命为副参谋总长兼军训部长，参与制定抗战计划，提出“以小胜积大胜，以空间换时间，以游击战辅助正规战，和日本人作长期战，把他们拖垮”的战略，被蒋介石采纳。淞沪抗战，白崇禧多次上前线督战。1938年3、4月间，白崇禧协助李宗仁，指挥中国军队在徐州附近的台儿庄地区围歼日军第10师团，歼敌1万余人。台儿庄战役的胜利是抗日战争爆发以后，国民党在正面战场取得的第一个胜利，极大地振奋了全国人民的抗战斗志。随后，李宗仁、白崇禧参与指挥了1938年6月至10月规模空前的武汉会战。武汉会战坚持打了四个半月，迟滞了日军的侵略步伐，迫使日军停止战略进攻，“速战速决”占领中国的计划彻底破产。中国的抗战进入战略相持阶段后，蒋介石为了加强重庆外围实力，增设桂林行营，指挥第三、四、七、九战区的军事，委任白崇禧为桂林行营主任。1939年底至翌年初，白崇禧亲自指挥桂南战役，并亲临炮兵阵地督战。经长期迂回，苦争恶战，两度收复战略要地昆仑关。到次年春战役结束，击毙日军第5师团12旅团长中村正雄，日军死伤约8000人，为抗战以来攻坚战的首次胜利。