当美法之间的战争处于炙热状态之时，亚当斯希望华盛顿能够出任美军总司令一职，华盛顿答应了，但前提是让汉密尔顿做他的司法部长。担任司法部长一职的汉密尔顿提议，动用军队来对付那些挑战联邦政府《移民和镇压叛乱法案》权威的人。这一提议激怒了共和党人，也使自己人感到心力交瘁；后来华盛顿辞去了总司令一职，亚当斯则故意冷落汉密尔顿，基本上剥夺了他手中的权力。在1800年的一次运动中汉密尔顿回击了亚当斯，他写了一个小册子毫不留情地抨击了亚当斯。汉密尔顿在这个小册子中这样评价亚当斯：“他的性格有内在的、巨大的缺陷，这一点就决定他根本不适合当总统。蹩脚的幽默再加上妒忌的性格就足以瓦解政府的支持者……给敌人冠以莫须有的罪名，他想通过这一招将他们置于死地。而对于几个很有势力的盟友，他的谴责换回的是朋友的离去。”[2]

    汉密尔顿的小册子预言了亚当斯注定要失败，在1800年的总统大选中杰斐逊战胜了亚当斯。但是令共和党人不解、联邦主义者高兴、美国国民困惑的是，大选中杰斐逊与亚伦?伯尔（Aaron Burr）结成了同盟。宪法规定每个选民都有两张选票，杰斐逊是共和党人最理想的候选人，同时他也支持伯尔做他的副总统。所以，选民被鼓励舍弃手中的一张票而全力支持杰斐逊，这样就能确保杰斐逊做总统而伯尔做副总统。可巧的是，最后伯尔和杰斐逊得到的选票是相同的，没办法这时只能由国会来做决断了。这时的国会是掌握在那些没什么作为的联邦主义者手中的，但正是汉密尔顿的干预才打破了僵局，他认为杰斐逊并不精明而伯尔是一个险恶的人，所以他决定支持杰斐逊。

    事实证明汉密尔顿的判断是正确的，不久之后他就见识到了伯尔是一个多么险恶的人。三年中伯尔一直在寻找机会，其间他同杰斐逊争吵，所以杰斐逊很快就像汉密尔顿那样认识到伯尔是一个野心很大的人。当意识到自己不可能连任副总统时，伯尔转而去竞选纽约市长了。但汉密尔顿还是反对他，并说要杀杀他的威风。伯尔失败后就找汉密尔顿决斗。本来汉密尔顿不想这样做，因为他的大儿子就死于决斗，他也不想让自己的妻子再一次受到这样的折磨，但心中的荣誉不允许自己拒绝。1804年7月11日，两人在新泽西州的威霍肯决斗（决斗在纽约是违法的行为），伯尔的子弹射入了汉密尔顿的肺部，还伤到了脊柱，痛苦挣扎的汉密尔顿因此第二天就毙命了。

    决斗结束了汉密尔顿的生命，也结束了伯尔的政治生涯，纽约组成了一个庞大的陪审团决定指控伯尔，而他却跑到了西部避难。逃难途中他在费城做了短暂的停留，在那里他受到了查尔斯?比德尔（Charles Biddle）的庇护，比德尔是贵格党会员，也是伯尔的老朋友。偶然的机会伯尔见到了比德尔家族的尼古拉斯?比德尔（Nicholas Biddle），他是查尔斯?比德尔18岁的儿子，长期在外地上大学并准备乘船去法国。年轻的比德尔本打算在政坛干出一番名堂，但当看到党派之间极端的斗争，特别是犯有杀人罪的副总统就活生生地站在自己面前的时候，他就开始反思自己原来的想法，他这样写道：“党派之间的暴力是一个国家的耻辱。”[3]他决定不涉足政坛这个是非之地。

    他去了法国，并成了美国驻法国大使的私人秘书。当时美国政府正准备从法国手中购买路易斯安那州的土地，而他的职责就是帮助处理一些财务方面的事情。他周旋于商人（特别是那些宣称出资1 500万美元买价的那些商人）、银行家（包括巴林银行的代表）、伦敦议员（起草交易的那些商人）之间。比德尔最终结束了这份工作，在经历一场盛大的旅行之后回到了费城。