试点工作由试点所在地的市政府负责，海关总署、商务部、交通部、国家外汇管理局、工商行政管理总局、财政部、国家税务总局、公安部等有关部门参加，在国家发展与改革委员会的指导下进行。国家发展与改革委员会的作用主要是按照“境内关外，适当放开;物流主导，综合配套;区港结合，协调发展;统一领导，属地管理”的目标模式，与有关部门共同制定对于试点保税区的特殊政策，协调各部门的工作，处理在试点中出现而地方政府难以解决的问题。  

    为了使试点有法可依，建议上海市人大根据试点方案，制定《上海外高桥自由贸易区管理条例》，并废止现行的《上海外高桥保税区条例》和《上海市外高桥保税区管理办法》;建议深圳市人大根据试点方案制订《深圳经济特区福田自由贸易区管理条例》，并废止现行的《深圳经济特区福田保税区条例》和《深圳经济特区福田保税区管理规定》。

    2、调整阶段（2007—2010年）  

    这一阶段的主要任务是根据试点的经验和我国保税区的状况，确定各个保税区的定位。其中一些可以发展为自由贸易区，其余的则可根据具体条件和形势需要而转为经济技术开发  区、出口加工区或特殊开放区。  

    根据我国的具体情况，自由贸易区不宜过多和过密，以避免不必要的相互竞争。在这一阶段内，除了继续发展上海和深圳两个自由贸易区之外，可再将4～5个有条件的保税区转为自由贸易区。在选择这一批保税区时，除了要考虑现有发展水平、港口发展水平及软条件外，还要注意地理位置的适当分布，建议在上海以北和以南的海岸线上各选2～3个点即可，也有人建议在广西增设一个自由贸易区。  

    由于受立法级次的限制，除《广东省保税区管理条例》之外，各个保税区的地方立法中都没有对保税区进行宏观管理的内容。故在此阶段内还应根据试点的经验和各保税区的实践，由国务院制定《自由贸易区条例》，用法规的形式对我国自由贸易区的定位、功能、管理体制、运营机制、监管原则，以及物流、仓储、贸易、投资、金融、税收等方面的特殊政策进行规范，并明确各有关方面的法律责任。    

    3、巩固阶段（2011—2015年）  

    这一阶段的任务是加强自由贸易区的建设并改善其管理，力争使我国有2～3个自由贸易区达到世界一流的水平。其主要目标是:  

    （1）成为国际枢纽港。国际主要班轮公司在港口停靠，集装箱吞吐量在世界前十名以内，港口的各项设施及信息化程度均达到世界一流水平。      

    （2）成为国际物流中心。尽管目前对国际物流中心还没有明确的定义和标准，但综合国内外一些学者的观点，可以认为国际物流中心的特点是:①多种运输手段的集成:包括海运、铁路运输、公路运输、内河运输、空运等运输手段的合理配置与连接，以及公用设施的共享，成为一个一体化枢纽。②多种运作功能的集成:包括信息、配送、仓储、运输、贸易等功能的相互配合及促进，实现“以市场信息为基础、以产品配送为主业、以现代仓储为配套、以多式联运为手段、以商品交易为依托”。③多种物流技术的集成:包括物流系统规划、设计及建设技术、仓储及运送技术、信息与第三方物流技术、供应链与第四方物流技术等技术的综合与应用。④多种配套服务的集成:包括金融、咨询、中介、报关、理货、物业管理等配套服务功能的配置及其效率的提高。使自由贸易区成为一个“货物通关最畅捷、综合成本最低廉、服务配套最完善、管理运作最规范”的国际物流服务平台。

    （3）成为国际商展中心。以物流为主导的自由贸易区必须以国际贸易为依托，为此在区内应当大力发展商品展示功能，将其建设成功能齐全、设施先进、展品众多、洽谈便利的国际商品展示中心。其展示场馆内不仅要有展示区和洽谈区，还应当有综合服务区、会议厅、放映厅以及某些商品的试用场地。展品可以自由进出区内供展示用，但若在区内出售则要依法纳税。  

    在此阶段内还应当完成我国自由贸易区的立法工作，即由全国人大根据《自由贸易区管理条例》实施中积累的经验和发现的问题，以及其他值得注意的情况，制定《自由贸易区法》。

    为了实现全面建设小康社会的战略目标，我国必须进一步深化改革并扩大开放，在经济全球化已成为不可逆转的潮流的形势下，我国保税区向自由贸易区的转变也是与时俱进的一个必然的举措。笔者深愿本文能引起有关方面人士的关注，为在我国建成2～3个世界一流的自由贸易区而共同努力。