列强的矛盾和国民经济的繁荣，给洪钧很大的刺激。出使三年多，洪钧也做了些本分之内的事。但是，洪钧的外交业绩不大，倒是他无意中闯下的祸端成为当时中国外交上的一大难题。

　　科举制度的一大有争议的功绩是要把学者们转变为帝国的官僚。其实，官僚们也大多不能脱离做学问。大清公使洪钧的学术兴趣在于研究元代历史。而元代历史的大多数外国资料，在当时的中国，几乎没有人接触过。洪钧以公使身份在欧洲发现了大量的蒙元史料，这使他兴奋异常。公务之余，洪钧“愈读西书而愈有兴味”，遂开始了《元史译文证补》三十卷的撰写工作，并因此而成为近代元史专家。

　　元代是个横跨欧亚大陆的帝国，其西域地理一块，就很难考证准确。为达到精准的目的，洪钧请教专家，旁征博引，订正历代错误，呕心沥血。这种用西文印证东方历史的做法，在中国学术界当为首创。

　　西域地理涉及中俄在19世纪的边界纠纷。洪钧对此考虑不周，以为学问者，学问而已。缺乏政治敏感性，或者说不懂国家间关系的敏感性，这是书生情结使然，结果不仅招致国家的麻烦，并且还惹祸上身。

　　一日，洪钧以重金购买了一张俄制中俄边界地图，经校勘刻印后交给总理衙门。《孽海花》中对于这段故事进行了渲染。书中说道：

　　刚走到厅门口，彩云望里一张，只见满桌子摊着一方一方的画图，雯青正弯着腰在那里细细赏玩，毕叶却站在桌旁。彩云就叫：“且不要声张，让我听听那东西和老爷说什么。”只听雯青道：“这图上红色的界线，就是国界吗？”毕叶道：“是的。”雯青道：“这界线准不准呢？”毕叶道：“这地图的可贵，就在这上头。画这图的人是个地学名家，又是奉着政府的命令画的，哪有不准之理！”雯青道：“既是政府的东西，他怎么能卖掉呢？”毕叶道：“这是当时的稿本。清本已被政府收藏国库，秘密万分，却不晓留着这稿子在外。这人如今穷了，流落在这里，所以肯卖。”雯青道：“但是要一千金镑，未免太贵了。”毕叶道：“他说，他卖掉这个，对着本国政府，担了泄漏秘密的罪，一千镑价值还是不得已呢！我看大人得了此图，大可重新把它好好的翻印，送呈贵国政府。这整理疆界的功劳是不小哩，何在这点儿小费呢！”

　　曾朴当年因试卷墨污而未中进士，又因得不到内阁衙门保举而无资格应试总理衙门章京的招考，对于科举仕途一帆风顺的洪钧，当然是怀有某种特别的心情，其对洪钧无知的刻画，也就情有可原了。

　　洪钧的意思，应该是将地图作为新发现的资料呈给总署，以掌握更多的西北舆地动态。但是，由于他并不熟悉俄文，中国所属的帕米尔地区许多卡哨在图中被划出中国国界，洪钧对此没有充分意识到。

　　光绪十六年（1890年）回国后，洪钧晋升兵部左侍郎、总理各国事务衙门行走。光绪十八年（1892年），发生帕米尔中俄争界案。此案系沙俄进一步侵略中国西北边疆所致。划界问题至为复杂，加上英国介入和地方分裂势力的搅和，百余年来一直是个大问题。作为普通外交官的洪钧，对此不可能搞清楚。洋务大员张荫桓于画错的地图也是一无所知，但是他却把这张地图给了俄国公使看。俄国公使如获至宝，当双方就中俄西北边界进行争论的时候，俄国人拿出这个地图为证，说你们中国人自己都承认帕米尔地区属于俄国。一时间，舆论哗然。

　　洪钧上疏辩解说：“自去年帕事起时，臣衙门当即遍查《内府舆图》、《一统志》等图，于帕地山川道里形势险要，皆略焉弗详，不得不藉英、俄两国之图，旁参互证。新疆本无精通绘图之员，又以畏惧俄兵，不能前往履勘。该督抚先后寄到两图，皆未精确。迨至去冬，北洋大臣李鸿章译寄英图数种，出使大臣许景澄搜集英、俄、法、德图说十余种，详稽博考，订成一图，益为赅备，亦于十二月寄到，以核臣衙门先后历办情形，似与疆界方舆尚无乖谬……”又说：“自译中俄界图，知乌仔别里以南，东西横亘，皆是帕地。喀约所谓中国界线，应介乎其间。今日俄人争帕，早种因喀城定约之年..俟俄退兵，可与议界，当更与疆臣合力经营，争得一分即获一分之益。”洪钧一方面辩解中俄纠纷和他的地图无关，一方面也表达了为国争夺领土的决心。

　　无论洪钧如何辩解，总之是差点惹了杀身之祸。尽管得到同乡翁同龢的保护，没有受到处分，可怜一代状元竟从此一病不起，不久魂断“孽海”。光绪帝下诏，曰：“任内一切处分，悉予开复。”最终还是饶恕了他。