这是个非常、非常大的矛盾。包括统治者（幕府）自己在内，大多数的日本人都很尊奉儒家思想，可是实际上的政治形态却与儒家思想中最重要的“秩序”理念背道而驰。

　　以钻研儒书为职志的日本儒者不可能没有发觉到这个矛盾现象。可是武人掌政、天皇退居幕后又是个无法改变的事实。这个事实不是一天、两天的事，而是远自12世纪末期以来就一直存在的“传统”。天皇亲政固然是更古老的“传统”，可是这个古老的传统由于年代太过久远，早已被“新传统”所掩盖，因而只在人们的脑海中留下极为模糊的记忆。

　　如果12世纪末期以来的武人统治者能够效法中国的英雄豪杰，把皇帝（天皇）干掉，自己取而代之，成为名副其实的皇帝，那事情便简单多了。偏偏这些包括德川家康在内的武人统治者下不了这个决心，而满足于实际的政治权力。结果，从12世纪末期以后，日本出现了一个令外国人很难理解的政治现象——日本有两个皇帝，一个是实际上的皇帝（将军），一个是精神上的皇帝（天皇），前者在名义上虽然是后者的臣子，可是后者却完全受制于前者，简直就像前者的臣子。

　　由于政治理想（儒家思想）与政治现实（将军与天皇间的倒错关系）存在着如此大的矛盾，因此，虽然早在江户时代初期，水户藩便已提出“尊王”的主张，当时的尊王论却甚为抽象空洞（讲得太具体会危及幕府的统治基础），徒具形式而已。

　　可是到了江户时代末期，尤其是佩里舰队来航后，日本陷入了空前的危机，加上幕府又无法有效地应付这场危机，让洋人予取予求，天皇的重要性因而开始显现。本来源自于儒家思想，内容暧昧不明的尊王论，这时突然脱胎换骨，变成一项具有强烈号召力的政治主张，亦即，以日本人精神上的大家长——天皇为中心，团结全国的力量（包括幕府与260个藩），共同抵御外侮（攘夷）。

　　“尊王攘夷”因而成为各藩志士的共同口号。必须注意的是，这些志士虽然主张尊王，可是在初期却还没有推翻幕府的想法（这种想法要晚一点才逐渐显现）。他们虽然对幕府的种种措施极为不满（例如让洋人予取予求，违勅签约以及将军继嗣问题），可却还没有不满到非推翻幕府不可的程度。为了纠正幕府的“失政”，他们所想到的唯一手段，就是说服朝廷出面，以天皇的权威左右幕政。

　　因此，佩里舰队来航之后，京都就逐渐汇集了来自各藩的志士。他们有的是奉主人（大名）之命，来这儿从事政治工作（如桥本左内、西乡隆盛），有的则是凭着满腔的救国使命感，来这儿结交同志、交换情报。就这样，京都成了各路英雄好汉大串联的场所。

　　如前所述，由于井伊政权违勅签约，而且又以很马虎的方式（飞脚）通知天皇这件事，因而让天皇极为震怒。井伊直弼整肃德川齐昭等人的消息传到京都后，朝廷上下以及京都的志士们更加愤慨，认为井伊直弼实在太过专权霸道了。

　　下诏书事件

　　于是，在志士以及攘夷派公卿的策动下，天皇下诏书给幕府和水户藩。诏书的大致内容是：

　　1.责备幕府不该与美国签约，以及不该处罚德川齐昭等人。

　　2.幕府今后应该多与各大名商议国策，以团结力量，抵御外侮。

　　3.以上内容，请水户藩代为转达给三家、三卿、亲藩以及被幕府处罚的人士。

　　这份诏书的内容当然很令井伊直弼不满，更令他不满的是，同样的诏书，水户藩于9月14日便已收到，幕府却于9月16日才收到，晚了两天。本来天皇直接下诏书给藩就是一件极不寻常的事（250年来从未发生过），同样的诏书，水户藩竟然比幕府早两天收到，这令井伊直弼有“天皇重水户、轻幕府”的感觉。

　　无论如何，下诏书一事已经充分表明了天皇对井伊政权的不友善态度。对井伊直弼而言，这是一大冲击。然而，还有一件事更令他震惊，那就是关白九条尚忠的辞职事件。

　　在朝廷的公卿之中，关白九条尚忠的亲幕色彩相当浓厚。当“一桥派”与亲“一桥派”的各公卿策动天皇下圣旨，要幕府选择具有“人望、英明、年长”三条件的人（德川庆喜）为将军后继的时候，若不是九条尚忠百般阻挠，这件事早已成功。因此，亲“一桥派”的公卿对九条尚忠极为不满。“违勅签约”事件发生之后，这些公卿就把一肚子气发泄在九条尚忠身上，联手逼迫九条尚忠辞去关白职位。

　　九条尚忠在寡不敌众的情况下，不得不答应辞职。可是按照当时的规定，关白的更替必须先得到幕府的批准。井伊直弼当然不会准许亲幕派的九条尚忠辞去关白，九条尚忠因而得以继续留任。然而，这件辞职风波已经足以让井伊直弼胆战心惊。

　　下诏书事件与关白辞职事件，这两个事件让井伊直弼深深地认识到即使在肃清“一桥派”各大名之后，他的统治权威仍旧被另一股势力——朝廷所挑战、威胁。而根据他的心腹长野主膳从京都传回来的情报，朝廷之所以会对井伊政权采取不友善的态度，主要的祸因是在于京都的志士与朝廷的部分公卿沆瀣一气，千方百计地煽动天皇与幕府对立之故。

　　安政大狱

　　因此，井伊直弼便决定在京都发动另一波的整肃行动，把所有的阴谋分子——反幕的志士与公卿扫除一空，以恢复幕府的威望。

　　肃清“阴谋分子”的工作由老中间部诠胜、京都守护职（幕府派驻京都，负责京都治安的最高指挥官）酒井忠义以及长野主膳三人主持。