此时，被摒除在皇宫外面，不得其门而入的尊攘派公卿，只好与长州藩士（京都尊攘派的主力）以及各藩的尊攘派一块儿退到大佛妙法院。这群总共2600人的京都尊攘派就在这儿共商对策。

　　朝廷现在已完全落入公武合体派手中。这场政变究竟是不是天皇的真意，尊攘派无从得知。然而，即使不是天皇的真意，又能如何？难道尊攘派敢攻入皇宫，“夺回”天皇？他们当然不敢。莫说武力不及对方，“攻击皇宫”可是一个天大的罪名，谁敢承担？

　　结果，尊攘派决定先撤离京都再说。第二天早晨10点左右，三条实美、三条西季知、泽宣嘉、东久世通禧、四条隆歌、锦小路赖德与壬生基修7名公卿，跟着长州藩兵离开京都，前往攘夷急先锋的长州藩避难。

　　另外还有一小部分的尊攘派留在京都，可是他们只能做地下工作，不敢像以前一样公然活动。因此，对尊攘派来说，京都已经“沦陷”了。

　　这场政变因为是发生在阴历8月18日，故称之为“八•一八政变”。

　　尊攘派对这场迅雷不及掩耳，以致让他们措手不及的政变很难释怀。他们毫无与天皇见面的机会，就被赶出了京都。究竟天皇的真意如何？这场政变是出自于天皇的意思呢？还是“佞臣”（公武合体派公卿）假借天皇的名义发动的？尊攘派无从得知。当然，尊攘派倾向于相信后者，因此他们不肯就此罢休，他们矢志要卷土重来，夺回京都以及天皇。天皇成了政治斗争的最大关键，谁“掌握”了天皇，谁就占尽优势。“八•一八政变”证实了这一点。

　　尊攘派虽然怀疑天皇的意志遭到扭曲，可是从下列这封天皇写给中川宫朝彦亲王等人的信，就可明白看出天皇是站在支持政变的立场。

　　“攘夷原本是皇国的一件大事，朕也为此而积心苦虑。可是三条实美等人的粗暴做法，实在令朕痛心。他们一点儿也不照朕的想法去做，而且与浪士之辈谋议，自作主张，任性妄为。他们表面上说是为了重振朝威，可是实际上却违反了朕的真意。……如今，无耻的国贼三条实美等人被逐出京都，这真是国家的大幸，令朕深为喜悦。”

　　“八•一八政变”之后，京都的尊攘派势力被扫除尽净，由公武合体派公卿取而代之。朝廷立即命公武合体派中最具实力的岛津久光上京。岛津久光兴高采烈地率领15000名藩兵（包括步枪队12队与大炮队2队）于11月13日抵达京都。

　　岛津久光及其下属智囊此时怀着一个重组日本政治结构的蓝图。这个蓝图大致是这样：

　　一、幕府权威日益衰颓，已丧失单独统治日本的能力。

　　二、朝廷无钱、无兵、更无野心，当然也没有能力统治日本。

　　三、因此，新的政治结构应以天皇为名义上的最高统治者，实际的政权则操在由各雄藩与幕府联合组成的政府手里。

　　四、为了达成这个目的，现阶段先设立一个由各雄藩大名与幕府代表组成的“参预会议”。“参预会议”的工作是拟定各项政策，并上奏给天皇，天皇若同意，便交由幕府实施。

　　于是，在岛津久光的策动下，与岛津久光理念相近的旧“一桥派”大名——松平庆永、山内丰信、伊达宗城，以及昔日“一桥派”极欲拥立为将军继嗣的德川庆喜（现在是将军后见职），加上将军德川家茂，全都被朝廷叫来京都。

　　成立“参预会议”

　　翌年（1864年）2月7日，天皇任命德川庆喜（将军后见职，代表幕府）、松平容保（负责京都治安的最高指挥官）、松平庆永、山内丰信与伊达宗城5人为“参预”。岛津久光因为无位无官，便赶紧由天皇授予“从四位下左近卫权少将”，于2月21日就任“参预”。

　　如岛津久光所愿，“参预会议”成立了。对幕府而言，现在面临两个抉择，一个是乖乖地接受岛津久光的安排——让“参预会议”骑在幕府的头上，成为幕府的上级机关。如果幕府不愿接受这样的安排，那么另一个抉择就是设法解散“参预会议”。幕府当然选择了后者。

　　“参预会议”所商讨的第一个问题是要不要关闭横滨港。根据1858年日美双方签订的通商条约，横滨已于1859年7月4日开港，现在怎么会有关闭横滨港的问题呢？原来，“八•一八政变”之后，孝明天皇仍旧念念不忘“攘夷”，因而不断向幕府施压。幕府几经考虑，决定以关闭横滨港来讨好天皇，并于1864年2月6日派使节赴法国，打算先求得法国的同意后，再要求其他欧美国家同意。

　　“关闭横滨港”原本是幕府讨好天皇的手段，可是“参预会议”成立后，这个问题就成了幕府摧毁“参预会议”的引爆剂。因为幕府知道以岛津久光为首的旧“一桥派”成员一定会站在“开国”的立场，反对关闭横滨港。如果幕府命令德川庆喜在“参预会议”中坚决主张关闭横滨港，而岛津久光等人又不肯让步的话，“参预会议”不就瓦解了吗？而且孝明天皇是站在“关闭横滨港”这边，等于幕府与天皇成了战友，共同对抗雄藩，如此一来，岛津久光等人的野心（重组政治结构）就很难达成了。

　　果然，如幕府所预料，在“参预会议”中，代表幕府的德川庆喜坚决主张关闭横滨港，岛津久光、伊达宗城、松平庆永等人则持反对意见，双方僵持不下，最后不欢而散。

　　3月27日，山内丰信辞掉“参预”一职，返回土佐藩。4月，德川庆喜、松平庆永、伊达宗城、岛津久光、松平容保也相继辞去“参预”。“参预会议”就此瓦解。