当时，海军操练所中有不少学生是坂本龙马介绍进去的，操练所关闭之后，这些学生一时不知何去何从。坂本龙马觉得大伙的航海技术才学得一点皮毛就要解散，未免可惜，便透过胜海舟的安排，与萨摩藩达成协定，亦即，萨摩藩答应借一艘船给坂本龙马，由坂本龙马以及旧海军操练所的一部分学生在长崎设立一家海上运输公司。这样，坂本龙马等人便可以一边做生意，一边学习航海技术。条件是，这家运输公司的盈利必须分一部分给萨摩藩。

　　1865年7月，运输公司“社中”成立后，坂本龙马开始进行他的另一个大计划，那就是促成萨摩藩与长州藩这一对冤家握手言欢。

　　如前所述，“第一次征长战争”之后，长州藩急于购买西方枪弹，可是又受限于幕府的严密监视，而找不到门路。于是，坂本龙马便取得萨摩藩与长州藩的同意，以萨摩藩的名义向外国军火商购买武器，再由“社中”的商船运到长州藩。另外，长州藩也答应通过“社中”把米粮卖给萨摩藩。

　　坂本龙马促成萨摩藩与长州藩的经济合作关系后，接着又着手促进双方达成政治合作。与坂本龙马联手进行这项计划的是中冈慎太郎。

　　中冈慎太郎与坂本龙马一样，也是土佐藩出身的志士。1863年“八•一八政变”发生之时，他正在京都从事尊攘运动，政变之后，他便跟着七卿逃到长州藩。

　　坂本龙马与萨摩藩很熟，中冈慎太郎则在长州藩的尊攘志士间拥有广泛的人脉，而且相对于萨摩藩与长州藩而言，坂本与中冈都是第三者，因此这两人可说是居间促成萨摩藩与长州藩达成政治合作的最佳和事佬。

　　于是，在坂本龙马与中冈慎太郎的奔走折冲下，1866年3月7日，萨摩藩的代表与长州藩的代表在京都的萨摩藩藩邸举行了一场历史性的密会。萨摩藩的代表是西乡隆盛与小松带刀（萨摩藩家老），长州藩的代表是木户孝允，居间作见证人的是坂本龙马。结果，双方达成了6项协定。

　　1.长州藩若与幕府发生战争，萨摩藩便立刻派2000兵士前往京都，派1000兵士前往大阪，控制这两地的情势。

　　2.长州藩若在战争中居于优势，萨摩藩应尽量向朝廷说长州藩的好话。

　　3.万一长州藩居于劣势，萨摩藩应尽力予以援救。

　　4.幕府若还未开战便撤兵（和“第一次征长战争”一样），萨摩藩应上奏朝廷，解除长州藩的冤罪（长州藩此时还是“朝敌”）。

　　5.如果德川庆喜、京都守护职、京都守护职等幕府势力挟持朝廷，百般阻挠萨摩藩对朝廷的说项工作（为长州藩洗刷冤罪），萨摩藩便与幕府翻脸，向其宣战。

　　6.长州藩的冤罪若得以解除，今后萨长两藩应真心诚意地为振兴皇国、恢复皇威而携手努力。

　　1866年3月7日的这场密会，以及密会中所达成的六项协定，史称“萨长同盟”。“萨长同盟”充分显示了幕末志士的成长。过去他们只具血气之勇，脑中想的只是要攘夷，谁反对攘夷，就干掉谁，经过几番挫折后，他们懂得坐下来冷静地规划未来——战争发生时怎么办？不发生时怎么办？打赢时怎么办？打输时怎么办？所有可能的结局都列入他们的考虑。这种缜密的态度哪里是过去不惜牺牲生命也要硬干到底的尊攘志士所可比拟？

　　萨摩藩与长州藩这两大雄藩的结盟，固然是由坂本龙马与中冈慎太郎从中协调凑成，可是如前所述，如果没有西乡隆盛在“第一次征长战争”时对长州藩的宽大处置，以及这两藩在政治主张上的趋于一致，很难产生这样的结果。

　　第二次征长战争

　　萨长两大雄藩的结盟对幕府是一项非常大的威胁，可是幕府却毫不知道这件事，而且正兴致勃勃地准备发动“第二次征长战争”。

　　1865年6月，幕府宣布由将军德川家茂亲自率兵征讨长州藩。为什么要由将军亲自出马呢？因为幕府认为上次征讨长州藩时，将军没有亲征，长州藩便乖乖臣服，这次由将军亲征，声势更为浩大，必定更容易让长州藩低头认罪。至于征讨长州藩的理由，幕府只是很暧昧地宣称“因为长州藩图谋不轨”。显然是个相当牵强的借口。

　　6月9日，由将军率领的征讨军浩浩荡荡地从江户出发，7月，抵达京都。将军进宫向天皇报告此次出兵征讨长州藩的理由后，前往大阪，并以大阪为大本营。

　　幕府接下来的动作就是要求各藩出兵共同讨伐“朝敌”长州藩。可是大多数的藩却不愿意参与这场战争，因为他们认为：

　　一、幕府征讨长州藩的理由太过牵强。

　　二、出兵的话，需要花费庞大的军事费用，严重影响藩的财政。

　　三、幕府若赢得这场战争，便会造成幕权的高涨，而强化对各藩的控制。

　　此时，萨摩藩的意向广为各方注目。为什么呢？因为萨摩藩是武力最强大的雄藩，只要萨摩藩愿意与幕府并肩作战，即使其他藩采取中立，幕府依旧有十足的胜算。然而，萨摩藩已经和长州藩密结同盟，怎会答应幕府的要求呢？

　　幕府老?板仓胜静为了说服萨摩藩参战，命令萨摩藩邸派一位重臣到大阪城会谈。大久保利通知道后，便自愿赴会。两人见了面，板仓胜静自然是开口要求萨摩藩出兵，大久保利通却假装患了耳疾而误听对方的话，说：