公元前400年左右——根据一些学者的看法，或者可能甚至早至公元前1000年——外来移民强力入侵日本。

　　2003年年中，日本国立历史博物馆的一支考古队伍宣称，碳测定显示弥生陶器的历史比原来人们认为的年份还要早大约500年，根据这个观点，该时代的起始年份则应该在公元前1000年左右。这个观点并未被广泛接受。

　　移民一拨接一拨从大陆抵达，他们在外形与文化上和绳文人相当不同。他们皮肤较白皙，身材较高，脸庞较窄。他们的文化包括诸如青铜与铁等技术，也更加依赖稻作。

　　对于这批移民潮的性质、规模甚至动机、起源，学者们的意见极为分歧。

　　有关移民，学者们有不同意见。有人认为大陆移民人数少，而有人认为可能来了大量移民。学者们一度认为有可能毫无移民来到，而逐步进化能解释绳文与弥生的不同。然而，最近的遗传研究证实确有移民到来。有关移民在日本内部的确切移动路线，学者们意见稍有不同，但有关移民抵达日本的路线，即经由朝鲜的路线，学者们对于这一点的意见较一致。然而，起点是朝鲜还是中国，则并不清楚。

　　尽管意见分歧，但清楚的是，新来者抵达了日本且彻底改变了日本的面貌。

　　1884年，东京弥生町首次发现一种无装饰、带红色的新型陶器，并被认定不同于绳文陶器，学者们就以“弥生”命名这个新时代。这个名称未能表达这个时代的活力，因为当时，学者们还不了解该时代的活力。

　　弥生时代总是被强烈地和稻作联想在一起。起初，学者以为稻作是由新移民带来的，但现在我们已知道那是过度简单化的说法。更早的时候，稻作已被引进。然而，在弥生时代稻作才被大规模地推广，特别是水田的种植，而且是在南部与西部，这清楚地反映出新来者的文化偏好。这将成为后来的日本人直至现今日本人的文化基础。

　　如青铜与铁的传播一样，稻作的传播反映出移民可能的移动。至公元1世纪左右，稻作从西南部相当迅速地传播至本州中部，但进一步向北传播较缓慢。虽然稻作、青铜及铁从早期阶段就已存在于北部，但并未被大规模采用，而北部直至8世纪或甚至更晚仍停留在绳文阶段。易言之，北部与南部之间存在着相当的文化鸿沟——今日北海道爱奴人的存在仍象征着该鸿沟。

　　日本出产有限的金属矿，因此金属用具倾向于和高地位有关。然而，持有金属的“象征地位的物品”并不是当时社会愈来愈阶层化的惟一因素。如同大多数的农业发展一样，稻作引起社会内部资源基础的缩小，使社会精英较容易控制社会资源。稻作也导致较永久的定居、较广泛的土地确认以及保卫且扩大边界的需要，特别是当人口增至200万人左右之时。战斗随之增加，持有金属武器加上有能力号召战士的人，他们的社会地位就进一步提升。当然，部落之间战斗愈来愈多，使得各部落依据战斗胜负而排列等级。

　　在这愈来愈阶层化的世界，奴役很常见。低阶者在路上遇见高阶者时退至路旁并鞠躬让后者通过——这种习俗继续延至19世纪。阶级由头衔来区分，高阶男子有四五个妻子，较低阶的男子也有两三个妻子。

　　加速阶层化的另一个因素是财富，特别是经商带来的财富。有些部落够幸运，在他们的领地内有金属资源。有些部落因新的技术发展获利，例如从公元1世纪左右起在九州生产的丝绸。玻璃技术与冶金也有所发展。产品多样化导致交易增加，包括与大陆之间的交易以及列岛内的交易，而每一个区域都有一个市场。爱知县朝日，就是这样的一个交易中心，它是迄今为止发现的弥生定居地遗址中最大的，占地约0.8平方公里，而典型的定居地介于0.02~0.28平方公里之间。

　　部落之间的战斗、精英的出现以及控制资源的竞争，导致政治化程度的增加。许多部落首长与邻近的部落缔结同盟，组成了无数的小王国。

　　我们对于这些小王国的知识，如同我们对于弥生时代的了解，大都来自中国文献。有关日本的最早的文字记载，从公元82年成书的《汉书》可以找到。《汉书•地理志》提到由100个王国组成的倭地（早期中国史书称日本为“倭”），倭人定期携贡物来汉朝在朝鲜的领地乐浪郡（建立于公元前108年）朝贡。较详细的描述可以在公元297年成书的《魏书》里找到，《魏书•倭人传》也记载了当时的朝鲜、满洲。

　　《倭人传》描写魏使臣在公元240年访倭地，对100个倭国中最强大的邪马台国描写得最详细。邪马台国由一个没结婚的巫术女王卑弥呼统治。她是一个在多年战争后获得权力、“事鬼道能惑众”的谜样人物。她定居在城堡里，由一百名男子守卫，一千名婢女、一名男子服侍。她通过这名男侍和外界沟通。她关切灵界的事，把统治的行政事务交给其弟。

　　依照从至少公元57年以来有些倭国统治者遵守的习惯，卑弥呼在238?派遣朝贡团来魏。

　　《后汉书》提及来自九州西北部的倭奴国使臣来汉朝朝贡之事。公元57年，光武帝颁给倭奴国使臣的“汉倭奴国王”金印，1784年在福冈县被发现，学者普遍认为该印是真的。

　　结果，像那些倭国统治者一样，她的统治地位获得魏的承认。然而，和其他倭国统治者不一样的是，她似乎被承认为整个倭地的统治者，不光是被承认为倭地之中一个王国的统治者而已。她也获得魏帝赠送的礼物，包括衣料、珠宝及镜子。她送给魏帝的礼物包括奴隶、衣料及朱砂。

　　依据《倭人传》，卑弥呼死于248年，享年65岁，埋葬时有一百名奴婢陪葬。她死后欲立男主，邪马台国复陷于大乱，统治者们重新协议，立卑弥呼宗女，13岁的壹与为王，国渐安定。

　　邪马台国是当时日本的权力中心，其他大多数倭国都效忠它。邪马台国究竟位于何处，一直是学者争论的焦点。对《倭人传》的描述有极为不同的解释。大多数专家认为，邪马台（Yamatai）就是几百年后在奈良盆地出现的日本第一个国家大和（Yamato）朝廷，但有些学者则认为邪马台国位于北九州。一个弥生时期权力据点遗址最近在九州西北部佐贺县被发现，给九州论增添若干分量，但还不足以推翻一般学者对奈良论的支持。卑弥呼坟墓显然尚未被发现。

　　《魏书•倭人传》与其他中国文献有关倭地的描述，乃是弥生时代与较早时代之间的一大差别——从史前史转变成有文字记载的历史。

　　这个时代本身是短时期内发生剧变的时代。在这一时期，人们从狩猎者、采集者变成耕种者，使用的工具从石器变成金属工具。居所变为固定，社会变成明显阶层化。这些变革是社会、政治统一成为国家的经济、技术基础。