1185年，源赖朝是全国权势最强大的人物。然而，他不要他本人或后代出任天皇，也不消灭皇室。他反而借着由朝廷颁给他“征夷大将军”头衔（通常简称将军），将其权力合法化。几百年来，征战中的武人使用这一头衔，但只是临时性质的，而赖朝是第一位终身使用这一头衔的人。1192年，朝廷颁授这一头衔给他。

　　合法性（正式的权威）与实权之关系的特别性质，是日本历史与社会的一项特色。典型的情况是：高权威不掌握同样的高度实权，但却颁授合法性给那些掌握实权并利用前者的权威行使权力的人；前者往往以头衔的形式颁授合法性，且往往在受到压力的情况下颁授。由于高权威是掌权者之合法性的保证者，前者也因而获得被后者保护的保证。被授予合法性的人，也可颁授合法性给在他下面的人。在某种意义上，这是责任分散，在另一种意义上，这是权威的阶层排序。源赖朝提供了这一过程的一个特别清楚的例子。

　　他的政府是新旧混合体，这主要由于需要合法性，但也由于在变革之中维持与过去有某种程度的连续性是长久以来的习惯。新政府叫做“幕府”（shogunate），该术语指战地统帅的指挥部，幕府在理论上仅是朝廷的军事部门。中央政府旧机构大致维持不变，但被大幅削弱。旧头衔也被保留，但往往被赋予新的意义。京都仍是官方首都，朝廷仍在那儿。

　　最近的研究表明朝廷拥有的活力比原来人们认为的大得多，特别是在官僚政治事务方面，宗教机构也在政治世界中起着重要作用。从这一点来看，与随后室町时代的单纯的武士原则不同，这是镰仓时代的协同原则。

　　然而，现在政府实权实际上由幕府掌握。幕府不设在京都，而设在关东地区镰仓。这是赖朝的传统支持据点，此外他也对宫廷倾轧与朝廷影响力有戒心。他宁愿和朝廷之间保持安全距离。

　　政府核心现在是分散全国的单一的主从集团，这是和从前不同的。赖朝任命他的家臣为“守护”与“地头”，派遣他们至地方（诸国），依地方习惯法与武家法律治理，而不依据从前朝廷全国一致颁发实施的律令。他们也为幕府收税，并有权保留本地生产物的一部分给自己用。借着这种制度，赖朝对全国大部分地区行使相当直接的控制，朝廷与朝廷贵族的收入因而进一步受到削减。

　　这是封建制度，而在这方面日本和西洋中世纪有共通之处。然而，日本封建制度是独特的，因为它透过朝廷中央政府来运作。比起契约关系较普遍的西洋封建制度，日本封建制度的主从关系更属于私人关系。在日本，这关系是一种父权式且几乎是家庭性质的，而表达“主”与“从”的某些术语分别使用“亲”与“子”。同时，有点儿矛盾的是，在武士的世界里，家庭的羁绊似乎不很重要，因此将这私人关系单纯地看成一种对抽象表示的厌恶或许更正确。家庭的力量被夸大，那是后世宣传的结果。

　　对个人的效忠是赖朝控制其封臣的主要因素。他可能没有特别令人钟爱的性格，但他似乎拥有强烈的领袖魅力吸引人至他身边。然而，依赖效忠个人作为控制手段不是很成功，它不具一贯性，难以制度化，且随岁月褪色。

　　一方面因为他认识到这一点，另一方面因为他生性多疑，赖朝对其权力可能受到挑战的任何微小暗示都十分警觉。这使得他甚至对亲友都会怀疑，并因此对他们采取决定性行动。他对待同父异母的弟弟义经的方式是个好例子。赖朝嫉妒义经的名气与英勇，因此怀疑他谋反，竟派刺客谋杀他。最后，在亡命四年后，1189年，义经被赖朝的武士包围，他和妻儿一起自杀。他之后在日本文学与传奇之中成为悲剧英雄。

　　那些追杀义经的人不久之后也被赖朝杀害。更多赖朝的亲人与伙伴也被视为潜在威胁而被铲除。

　　赖朝铲除亲人可能并不符合其家庭的最佳利益。1199年当他从马背摔下致死时（不是在战斗中，但情况有点儿可疑），源家没有真正适合的继承人。他留下两个儿子，赖家（1182～1204）与实朝（1192～1219），两人名义上都成为将军。然而，在赖朝死后的谋杀与阴谋的混乱形势中，两人都不够强大、不够成熟而无法实行真正的控制。

　　对家族中较为敏锐的人而言，没有任何犹豫或摇摆的空间。赖家与实朝都被家人控制且最后都被谋杀。在许多阴谋背后是他们的母亲，赖朝遗孀北条政子（1157～1225）。她实际上控制政府，后来被人称为“尼将军”（意指在赖朝死后她曾宣誓当尼姑）。

　　政子使用的一个手段是将军摄政制度。此制度使得将军职位成为名义上的职位，容易受操纵的朝廷贵族通常被任命为将军，而北条行使真正的控制。

　　1221年，太上皇后鸟羽（1180～1239，1183～1198在位）挑战北条将军摄政失败后，北条的势力变得更加巩固。后鸟羽在安德天皇死后继位时只是幼童，但他记得当时的源平之战，并且长久以来反对源氏与北条?。他挑战将军失败后，将军派遣一位管领驻在首都监督朝廷。后鸟羽被放逐至偏远的隐岐岛（位于今日岛根县外海），后来也死在那儿。他是日本史上的另一位著名的悲剧人物。

　　虽然明显地国内多事，北条时期最重要事件的其中两件源自国外。这是1274年与1281年的两度元寇来袭。这些外国威胁可能协助了北条在全国保持权力，因为在元寇来袭前后的全国警戒时期，它们创造了一种紧急状态，使国内异议沉寂了约30年。

　　当成吉思汗的孙子忽必烈（1215～1294）在1260年即大蒙古皇帝位时，蒙古帝国已经涵盖朝鲜、华北以及欧亚大陆的大片地域。忽必烈的下一个主要目标是宋军根据地华南。然而，他也把注意力转向日本。1268年，他派使者送信给“日本国王”，声称假如日本不承认蒙古宗主地位并朝贡，将派兵攻打日本。日本当局——朝廷与幕府对这封信与后来的信函都一概不加理会，但将军把预期敌人可能登陆的九州西北海岸置于军事警戒状态下。

　　第一次攻击在1274年11月来临。正如预料，敌人企图在九州西北部海岸登陆。忽必烈从朝鲜派遣约900艘船只，载运约4万兵员。他们在博多登陆，而入侵者立即迫使日本守军向内陆撤退。然而，那晚蒙古军没向前挺进，反而回到船上。不久后台风来袭，船只受到严重损害，船上许多人丧命。入侵者撤回朝鲜，兵员损失1/3。

　　日本人对自己的武器与骑兵战术的劣势感到震惊，并为敌人可能再度来袭加强准备。

　　在骑兵战术方面，日本人没多少甚至没有经验，因为他们的骑士跟敌人打斗时，通常一对一，而非群体对群体。武器的事使我联想到日本史上一件有趣但被忽视的问题。同时代的卷轴画明白地显示，蒙古兵配备原始的大炮。然而，我一直未能找到何以日本人不企图制造自己的大炮的任何解释。大多数历史书仅单纯地叙述火器在16世纪中期首次被葡萄牙人带到日本。日本人在葡萄牙人带火器来日本后立即加以仿制，而在元寇第一次来袭后，他们预期元寇会再度来袭，我想不通何以日本人似乎并未尝试仿制蒙古兵的火器。

　　1281年6月的蒙古入侵军规模大得多，这次也是在博多登陆，不下4400艘战船与兵员14万人。至此阶段，忽必烈已经在1279年对宋作战中胜出，成为中国一个新朝代的创立人。他也尝到他在1275年与1279年两度派去日本的使臣被砍头的屈辱。这次他是认真的。

　　但蒙古军虽然规模大，他们遭遇顽强抵抗，无法获得真正的据点。几星期后援军从华南抵达，但正当入侵者准备大举联合攻击时，突然刮起台风，摧毁了他们的大部分战船。他们再度被迫撤退，这次损失的兵员超过半数。

　　蒙古军的两次失败，一方面是因为日本人顽强抵抗，另一方面是因为他们依赖最近征服的汉人兵与朝鲜兵，这些兵没有为蒙古作战的热情。然而，两次台风也对结果有不可否认的重大影响。这台风被称为“神风”（kamikaze），反映出日本人的一种信仰：日本是神国且受到神的保护。“神风”后来在第二次世界大战时被用来形容那些牺牲生命保护国家的自杀飞行员。

　　忽必烈没有放弃入侵日本的意图，后来策划了许多攻击计划，每次他都因帝国其他地域不稳而转移注意力。日本人知道他的意图，且维持警戒状态直至他在1294年死去，之后蒙古人对日本的兴趣似乎消退了。