五四学生在继承和发展辛亥学生传统的同时，也有一些难以超越的局限，其中最基本的一点，是缺乏自己所极力提倡的理性与科学精神。
从辛亥到五四，学生们虽然信奉和倡导科学，但由于教育水平低下，社会发展落后，以及文化环境不利于科学精神的生长，学生实际掌握的科学知识十分有限。他们能够批评迷信的荒谬，却无力显示科学的力量，口头宣讲的效力因而大为削弱。更为严重的是，学生受传统偏见的影响，重理论轻技艺，轻视手工劳动，热衷课堂实验而冷淡实地见习。当科学仅仅被用作反对迷信的武器时，并没有真正实现其独立价值。自身发育不良的科学精灵，非但不可能战胜主宰社会的迷信怪物，甚至会在缺乏科学精神的社会氛围之中，畸变为一种神话力量。
科学精神短缺影响社会政治文化领域，形成综合缺乏症。人们将所追求的理想模式变成排斥性目标，实际上破坏了实现这些理想所必需的思想和社会机制。五四是以彻底的反帝反封建姿态载入史册的，其彻底性在思想文化上表现为与传统决裂。然而，传统特有的思维方式从根本上制约着近代学生的反传统精神，他们的理性世界夹杂着太多的感情成分，缺少严谨的科学实证和逻辑推理，因而对旧事物的批判和理想追求，带有浓重的情绪化色彩。更新民族文化心理的愿望主要出于政治斗争的需求，对国民性的描述和传统文化的认识过于笼统抽象，仅仅停留在思想表层和社会上层。对于具有决定意义的乡土社会，学生却没有什么认识，更提不出变革的方案。文化批判实际上从属于政治目的，没有树立社会文化领域本身要求的科学学术建设和价值评判系统。这样做最严重的消极后果是，尽管不断提出社会文化更新的使命，政治变动与社会改造往往不能同步进行，政治风云的剧烈变幻掩盖了社会变动的迟缓滞重，轰动一时的政治事件到头来成为陈旧社会舞台上的匆匆过客，为政治的文化更新活动便有如蜻蜓点水。
民主是近代学生孜孜追求的目标，但学生的本能冲动大于理性指导，对民主理论、制度以及具体实施程序、操作方法的了解不够全面具体，更缺乏实际体验，因而主观欲望强烈，实践中却对较高层次的民主政治活动无所措手足。尤其是他们对产生和移植民主制的东西文化间的差异缺乏科学认识，很容易产生倒错意识，即将非民主、伪民主甚至反民主的东西视为民主，而不自觉地排斥真正的民主精神与原则。他们反对专制独裁，但并未消除权威崇拜，其不安与躁动，很大程度上是因为旧的专制权威失去光彩，而新权威尚未成立，心理失衡所致。而恢复平衡的需求，使他们在反对专制的同时，逐渐产生对新文化英雄的信仰服从意识，从而伏下隐患，当文化英雄与政治领袖合二为一时，权力的集中化便乘势发端。随着近代民主化进程的推移，一方面引进了许多内容被严重阉割歪曲的虚假形式和观念，一方面却是政权对社会的干预控制日益加强、扩大、深入，给后人留下重大而棘手的政治难题。
辛亥学生有着明显的欧化倾向，他们厌弃中学课程，偏爱外国语言和各种西学课程，这似乎是“西化论”的先兆。然而，学生的西化倾向不过是异质文化间优势互补规律的表现，它将导致更新融合而非彼此取代。值得注意的是，教会学堂学生显示了与此相反的意向，一些教会学堂还发生了要求增设中文课程的学潮。从辛亥到五四，历次反帝爱国运动，教会学生都是积极参加者，并且常常率先发难，极少局外旁观的事例。这无疑是促使五四后基督教会提出使教会学校“更中国化”口号的重要原因。近代中国的民族文化更新与西学东渐、西制东侵、西俗东移是同一过程，阻碍这一进程的不是西化，而是包括学生在内的中国人对先进外来文化缺乏全面深入的认识，并未找到它与本位文化的接点。语言障碍和文化隔膜，使得学生不能全面接触西方文化，他们甚至从字面上也未能完全弄懂西方近代思想，更不用说难以心领神会的种种言外之意。他们用既有观念理解或附会外来概念，形成许多似是而非的错解。辛亥与五四学生文化探讨的意义，并不在于他们成功地找到了解决问题的方案，而是在此推动之下，最终实现了本位文化的全面开放和与外部文化的全面接触，能够在真正弄懂、整体把握的前提下比较选择，正确运用外来先进文化的观念方法重新认识本位文化，为促进民族文化的更新重建奠定坚实的基础。