文化分层对于西学内化和学堂的发展也有重要影响。经验型的俗文化对于异质文化的看法带有直观片断性，接受或排斥具体事物，很少做一般性概念判断。哲理型的雅文化则抽象系统，从一开始就把夷夏、中西文化的整体价值评判作为前提，这就造成了二者在接受与内化阶段上难易程度的反差。乡村、市民社会对外来文化反应的区域差异要大于士绅。道咸后日渐增多的教案及反对敷设铁路电线的风潮，常为论者引为民众排斥外来文明的例证。然而，教案中一部分为官洋冲突，一部分受士绅操纵，真正的民教冲突以及反对铁路电报的骚动，又有相当部分是因为生计财产受到侵害。只有维护风水坟茔之举属于文化冲突。当时一些来华的外国人也承认：“老百姓对坟墓极端尊敬，这不是不合乎人情。”《田凫号航行记》，《洋务运动》八，第393页。60年前英国出现第一条铁路时，“各阶级的知识人士所提出的反对，比今天中国人所表示的厌恶可笑得多了”。并且指出： 有钱有势的墓主态度更加顽固，反对对坟墓权利的任何侵犯，官府则常常出于自私的动机，“但是我们应该承认，中国一般的人民群众的举动是有理而适中的。当人们的生计受到威胁的时候，愤怒的示威再加上暴动，是不可避免的”。只要处置得当，学堂、铁路等洋新事物并不会遭到抵拒。天津敷设第一条电报线时，在未经出示通告及派兵保护的情况下，“所通过的土地的所有人未曾有任何敌意或反对的表示”。《中国在进步中》，《洋务运动》八，第428页。不过，下层社会接纳西学洋货多属文化适应而非转变，当习惯于经验规范的下层文化的惰性被守旧官绅加以利用时，更成为社会发展的严重障碍。同时，下层社会的文化取舍以实利为准绳，而清政府的求新活动，多少都触犯了他们的利益，或把由此增加的负荷转嫁到他们身上。新政以后各地普遍刮起的毁学风潮，半是文化隔膜作祟，半是切身利害冲突。士绅与平民、官府与百姓的分歧对抗，和革新与保守、西化与传统的矛盾扭成一团，在强制性行政干预下不断激发社会冲突，这是造成近代中国表面变化频繁，动荡剧烈，其实却螺旋大螺距小、外形多内涵少的重要原因。
不少人认为，中国传统文化重义理轻技艺的观念阻碍了引进吸收西学。但这一论断主要适用于士大夫层面。1867年奕等人为天文算学馆事批驳反对派“制造乃工匠之事，儒者不屑为之”的论调时，竟也声称：“盖匠人习其事，儒者明其理，理明而用宏焉。今日之学，学其理也，乃儒者格物致知之事，并非强学士大夫以亲执艺事也，又何疑乎？”《筹办夷务始末》同治朝卷四十六。这显然有违西学本旨。然而，“君子喻于义，小人喻于利”，下层社会关怀的并非义理，而是实利与技艺。这也是乡间市井之人比士绅容易接纳洋器西学的原因之一。当时一些外国有识之士指出： 中国手工工人不仅观念上比工业革命时期的西方工人更容易接受机器生产，而且他们过去所受本地手工业的综合训练，使之更能适应各种细致复杂的工厂工作。《中国在进步中》，《洋务运动》八，第427—429页。当然，西学讲究理与艺融会贯通，所谓“学以业而有征，业以学而愈进”，要求接受者本身的统一。而19世纪不同阶层的中国人却各执一端，士大夫学理而不习艺，平民百姓又很难由艺上升为理，所以始终不得要领。对此来自异域者感受更加分明。一位传教士评论道：“近数十年，中国亦知泰西实学为要，而所以不能专心致志，抵于精深者，亦非无故，盖因中西俗尚不同，中国宦乡子弟，断不屑于诵诗读书而外，兼习百工，手艺生徒又岂能于终朝操作之余，讲求文学。”安保罗： 《崇实学》，《中西教会报》1896年10月第2卷第1期。不同的文化取向，无疑会影响上学读书的少年子弟。
雅俗文化的女性规范差异，也产生不同的结果。士绅阶层重礼教大防，提倡三从四德，所以女学一直没有合法地位。甚至20世纪初清政府正式颁布学制时，仍然排斥女学。直到1907年，才勉强允许女子初等教育。而下层社会约束较松，对女子入学的态度宽容得多。中国最早设立的西塾便是女塾。1869年，新教女学生已有576人，1876年为2100人，1895年达6798人。《中国基督教会差会手册》，第326页。而天主教1878—1879年有女校213所，学生2791人。估计女生占教会学生总数的1／3。这对官府士绅放松对女学的禁令戒律，当是有力的冲击。