孙中山曾盛赞南方熊楠是日本的一位“奇人”。孙中山在给犬养毅的一封信中高度评价南方熊楠，“君游学欧美将廿年，博通数国语言文字，其哲学理学之精深，虽泰西专门名家每为惊倒，而为植物学一门尤为造诣。君无心名利，苦志于学，独立独行，十余年如一日，诚非人可及也。”孙氏昔年被骗进中国公使馆监禁着的时候，南方氏以友谊的关系，曾跑进中国公使馆内大骂，又用文字攻击，孙氏脱难，他也尽了不少的力。但北京大学王晓秋考据的是南方于1897年3月16日，在大英博物馆东方部主任道格拉斯的办公室里第一次见到孙中山的。并不是通常说的古巴相遇。这是孙中山在伦敦蒙难获救以后不久，他经常到大英博物馆看书，因此得以与南方熊楠邂逅。此后，南方熊楠曾向孙中山介绍了不少日本人士与其相识，这为孙中山以后在日本开展革命活动产生了积极影响 。

　　南方熊楠是日本近代杰出的生物学家、民俗学家，1867年出生在日本关西地区的和歌山县，比孙中山小一岁。他自幼聪明好学， 被称为“大天才”。神坂次郎所著的《绑着的巨人》中记述说，熊楠刚上小学时，记忆力超群。有一次他去邻居家里，在人家的书橱里发现了《和汉三才图会》(105卷)，就一本一本读了记住，回到家后自己誊写下来。熊楠的日记中这样写道：“其壁龛有书箱(书橱)，内藏《和汉三才图会》。吾一一取而读，默记而返，誊于骏河半纸薄，绘亦然。”不只《和汉三才图会》，12岁的他还同样将《本草纲目》52卷也全部默记在心，回家后誊写出来。

　　中学时代南方就开始对植物学产生浓厚兴趣，到野外收集各种菌类标本。1892年26岁时赴英国伦敦，在大英博物馆协助整理工作，并从事生物学、民俗学、考古学与宗教学的研究。其间，南方迻译日本的古典多种，善作都都逸（俗歌之一种），也作和歌、狂歌、狂句。他对于粘菌的研究最深，据世界植物学的报告，至一九二六年止，粘菌的的种数，本种变种合计，共二百九十七种，其中由南方氏独立发现者共一百三十七种。他用英语发表的《燕石考》，已有十二国的译本。

　　南方熊楠，留欧十五年，语言则通英、法、德、俄、义、荷兰、梵文、中国等。南方欢喜饮酒，不修边幅，但极用心读书。因贫常不给，买参考书也没有钱，遂受雇为马戏团的书记，周游南美、墨西哥、西印度、古巴等处，他的言语学的精深，便是由此来的。马戏团里的男女，常来请他代写情书。漫游各地五年，他没有一日间断他的植物学标本的采集，以及读书。他的父亲死后，又流浪回英国，得了伦敦学会悬赏的天文学论文的第一名奖，声誉鹊起，被推为大英博物馆的东洋调查部员。 南方熊楠性格刚强豪爽，后来因不堪忍受英国职员的歧视和侮辱，挥拳反击，而被大英博物馆免职。1900年10月，他回到日本，但因无博士学位，未受日本政府和大学的重用，便回到故乡和歌山县潜心研究科学。直到1941年去世。他一生收集了各种菌类标本和图谱4500多种，15000多枚，还撰写了大量论文和随笔。在生物学、民俗学、人类学、考古学、社会学、文学等领域均有建树。 1901年2月13日，孙中山前往和歌山与南方熊楠叙旧，两人“相见甚欢，流连忘返”。

　　他除有好酒癖外，还有不洁癖与裸体癖，他在英国的旅社里常不着衫裤，常被逆旅主人所驱逐，也没有女人爱他，到四十岁时还保持着童贞。他在外十五年才回日本，娶一个神社的司祭人的女儿为室，他从朝到晚检视显微镜，家庭与夫妇之乐他是毫不在意的。他的脾气又不好，常常捣毁家中的什物。他很详细的记载每天的日记，甚至他结婚以来，和他妻子的一切至微至妙的琐事都记得一点不漏，兴来时便把日记捧在手里高声朗诵，羞得他的妻子掩着两耳逃回娘家去。他喜约朋友到山里去作“猥谈”，他的“猥谈”据曾经听过的人说是天下一品。

　　1911年10月14日，当他听说中国爆发武昌起义，革命军取得胜利的消息时，非常高兴。他兴奋地写信给自己的朋友、著名的民俗学家柳田国男说:“报上所载的黄兴起兵，大乱爆发的电文我已看到。我与孙文(即孙中山)曾有默契，要是革命情势能一天一天地稳定下来的话，我打算前往中国去慰问革命军。”一个月以后，他又写信告诉柳田国男，他过去在和歌山与孙文欢谈时，还达成一个默契，“那就是他的革命一旦成功的话，将在广州的罗浮山开设一个植物园。”

　　南方熊楠每天喝日本酒二升，啤酒二三瓶，睡眠四小时。