太平军自撤出扬州后，只在江北保留了瓜洲一个据点，由镇江太平军统筹防务。瓜洲太平军于原有的砖城外，在江边加筑了土木结构的营垒，沿岸遍钉木桩，在运河北岸添挖深沟数道，又将旧城加高，城根安置炮眼，将瓜洲建成了坚固的要塞。水营船队联络于瓜、镇之间，使得两岸守军互为应援。因此江北虽仅此孤立的据点，却有力地牵制了江北大营的清军。

　　江北大营的兵力本即少于江南大营，战斗力则更差，尤其是军饷供给更形拮据。江北大营驻扎于扬州地区，但其粮饷却归河南布政使郑敦谨的粮台支放，常常一拖就是数月，无法予以切实保证。钦差大臣琦善为此在奏报中向皇帝警告说：“军无见粮，士有菜色，阵亡召补无人应募。”与江南大营相较，“责战则同，饩军则异，揆诸事理，未可谓平。万一军心涣散，恐至不可收拾。”《琦善片》，见《剿平粤匪方略》卷七十八，扬州，江苏广陵古籍刻印社，1985。帮办扬州军务的刑部右侍郎雷以所统练勇数千人，几乎全靠捐款维持。在军饷来源严重危机的情形下，雷以与已革扬州知府张廷瑞等筹划，利用当地商人行会抽厘办公的习惯和民间以“一文愿”集资赈灾的做法，首先于1853年9月在仙女庙、邵伯等处试行捐厘助饷。1854年4月，雷以将试行情况和准备在里下河地区推广厘捐的计划奏报咸丰帝，得到皇帝的完全同意，认为其“所奏自系因时变通之法，尚属筹办得宜。著琦善即饬雷以将里下河一带商民，谆切晓谕，实力劝捐”。同时，他还要求两江总督怡良、江苏巡抚许乃钊等军政大员，“各就江南北地方情形，妥速商酌。若事属可行，即督饬所属劝谕绅董筹办。其有应行变通之处，亦须悉心斟酌。总期于事有济，亦不致滋扰累，方为妥善。”《清文宗实录》卷一二五，咸丰四年三月癸亥。这就是近代臭名昭著的“厘金”的起源。说是“不致滋扰累”，只能是自欺欺人的假话。实际上，自咸丰帝首肯后，“扬州以下沿江各府州县三四百里之内，有十余局拦江设立，以敛行商过客，名曰捐厘，实同收税”。而且“局愈多而民愈困，弊愈滋矣”。《王茂荫奏报江苏捐局林立官私杂出并请敕查折》，见《清政府镇压太平天国档案史料》第16册，585页，北京，社会科学文献出版社，1992。

　　江北大营的主持者、钦差大臣琦善已届意气衰朽的晚年。太平军坚守扬州时，虽有咸丰帝的一再严令催促，但他对皇帝所谓的“蕞尔扬州”始终无可奈何。太平军自扬州撤退后，他对“蕞尔瓜洲”依然是无所作为。1854年8月，琦善在扬州军中病故。清廷以前任江宁将军托明阿继任钦差大臣。但托明阿由连镇战场赶赴扬州后，依然久攻瓜洲不下。咸丰帝对此大感失望，他在1855年7月的一份上谕中说：

　　托明阿自到扬州督兵以来，打仗未尝不力，然往往胜负参半。蕞尔瓜州［洲］，并无城池可守，何至被贼久踞，攻剿费力，竟与坚城相等？恐调度或未尽善，抑带兵诸将，恃勇而不济以谋耶？《清文宗实录》卷一六八，咸丰五年五月壬午。

　　对于皇帝的指责，托明阿辩解道：

　　（太平军）将上中下三洲分筑外石内沙之垒，炮弹遇沙即止，不能穿过，较之砖城尤为难攻。又于要路连筑数营，峻垒深濠，回环包路，且中隔运河，与镇江对峙，互相应援。我军分围东西两路，地处沮淤，袤延四五十里，路程纷歧，沟坎错出，大队无从展布。或逼近进攻，该逆凭高击下，枪炮如雨。隔水则地雷难掘，登陴则无处可梯。终经百计诱引，贼终坚匿不出。以故屡次攻城，总未能痛加剿洗。《托明阿奏》，见《剿平粤匪方略》卷一三二。

　　托明阿根据连镇修筑长围对付扫北军的成功经验，也在瓜洲周围大筑长围。1855年冬，长围完工。托明阿乘势将大营前移，沿围墙驻扎。瓜洲太平军野无所掠，已成坐困之势。

　　1855年末，在镇江、瓜洲两城都陷于十分危险的境地时，太平天国终止了对芜湖的攻击，除已在芜湖和皖北撤出的部队外，更从湖北德安调回部队，共集结数万人的优势兵力，“水陆齐进，下援瓜、镇”。《向荣奏稿》，见丛刊《太平天国》（八），557页。其统帅为已复燕王爵的秦日纲，主要将领有春官正丞相涂正坤、冬官正丞相陈玉成、地官副丞相李秀成、夏官又正丞相周胜坤、夏官副丞相陈仕章等。

　　1856年1月底（太平天国乙荣五年十二月，咸丰五年十二月），秦日纲等部已进至天京郊区的栖霞、龙潭一带。向荣和吉尔杭阿赶紧从江南大营和围攻镇江的清军中抽调兵力进行堵截。清军连营30余里，节节堵扼。但太平军“势众且悍”，“用全力下窜”。自栖霞至镇江一百数十里，“处处皆可内犯，处处皆可下窜”，向荣已深有“地大兵单之虞”。《向荣奏稿》，见丛刊《太平天国》（八），568、573页。清军密切注视对腹地的防守，但太平军已在沿江逐步渗透。3月中旬，太平军召开诸将会议，决定由陈玉成乘?船冲破清军水师防线，进入镇江与吴如孝会合。“水面皆是清军炮舟拦把，虽言（然）严密，陈玉成舍死直冲，到镇江，当与吴如孝计及，抽军由内打出。”《李秀成书供原稿》，第十二叶下。而李秀成等部则由外发起攻击。陈玉成突入镇江后，即与吴如孝等率守军主力占据沿江洲地。