洪秀全说：“内言内字不准出，敢传出外五马分；外言外字不准入，敢传入内罪同伦。”其待宫内女官过严，雨雪寒冻，仍紧逼凿池挖塘，不得休息，还不准将其内情外泄。杨秀清假借天父下凡，认定洪秀全有过错，迫使其俯伏受杖（因洪表现恭顺，实际未予杖责），并“恩免天朝四女师理事”，不仅使石达开与他自己的姊妹石汀兰、杨长妹两位“分属王姑，情同国宗”的女官各回王府，免受洪秀全的责罚，甚至还顺带将朱九妹两姊妹也强行夺到东王府“安享天福”。接着，他又以东王身份进谏，使得洪秀全不得不当众宣布：“尔为官者，须知尔东王所言，即是天父所言也。尔等皆当欣遵。”以上两段所引洪秀全诗句均见《天父诗》，见《太平天国印书》（下），571—650页；杨秀清所说及假借天父下凡之事以及洪秀全的应答，均见《天父下凡诏书》（第二部），见《太平天国印书》（下），470—484页。

　　杨秀清在太平天国的体制中具有极其独特的身份：在宗教信仰方面，他拥有代天父传言的资格及“劝慰师”、“禾乃师”、“赎病主”等一系列神圣的头衔，是太平天国“最高指示”的实际发布者；在世俗的政权体系中，他作为太平天国的正军师、东王，又拥有节制诸王以及群臣的极大权力。他的尊呼“九千岁”只比“万岁”之尊的洪秀全少一千岁，上朝奏事时可“立于陛下”而不必下跪，也即所谓“一人之下，万人之上”。

　　在天兄代言人、西王萧朝贵于攻打长沙之役阵亡之后，东王杨秀清成了太平天国与上天沟通的唯一媒介。“天父下凡”是太平天国压倒一切的头等大事。每当天父依附杨秀清的肉身下凡时，哪怕是在深更半夜，东王府的官员们都必须详实记录在案，并以最快速度通知在京的诸王和朝臣们前往聆听教诲并切实贯彻执行；而当天父需要召见天王时，就连洪秀全也不得不匍匐于杨秀清的脚前。杨秀清于天父附身下凡时所说的每一句话，都是“天父圣旨”，任何人都必须不折不扣地贯彻执行。

　　存世的《天父圣旨》第三卷，记有起自1854年3月2日（太平天国甲寅四年正月二十七日，咸丰四年二月初四日），迄于1856年8月15日（太平天国丙辰六年七月初九日，咸丰六年七月十五日，也就是杨秀清被杀前18天）的历次天父下凡的情形。《天父圣旨》，见《太平天国续编》（二），322—345页。这些下凡活动，有些属于对处理国家大计的定夺，如改变对古书一律加以禁毁的过激政策（太平天国甲寅四年正月二十七日，1854年3月2日）；暂停刊印新旧约《圣经》，并对天父天兄历次下凡的圣旨进行斟酌和修订（同年六月初一日，7月7日）；让一班小弟小妹团聚，恢复天京的正常家庭生活（同年八月二十四日，9月28日）；等等。但有些下凡活动，似乎只是显摆威风。如1855年8月25日（太平天国乙荣五年七月十九日）半夜三更，天父突然下凡，要到天王洪秀全的天朝宫殿去，闹得动静极大。北王韦昌辉、翼王石达开及众朝官等随行，各位王宗“齐执军装步行”，在舆左右护卫。到了天朝宫殿后，北王、翼王亲令典天炮官点放圣炮，又令典天锣、典天鼓等锣鼓齐鸣。洪秀全虽令女官们速开朝门，但因“天朝朝门紧闭数重，实难骤开”，天父竟为此“大发义怒”，诏曰：“咁咁，音gàn，粤语方言，这；这么；这样。咁久，就是这么久。下文的咁大，就是这么大。久还不开朝门，真是该打！”不过在洪秀全跪奏请求“恩赦小子迟延之罪”后，又予以宽恕。此次下凡，除当众宣布两项人事上的处分外，竟然只是要单独召见洪秀全的正宫赖氏，欲其“时时虔敬天父”，敬其夫主，并教管好其他众王妃。但这位正宫娘娘半夜三更从梦中惊起，跪听天父教诲时的真实感想究竟如何，也只有天知道了。

　　天父更多的下凡，是对具体人事，甚至是对一些琐事的处置。各级官员乃至东王府的属吏，动辄因琐事而受到天父的责难或惩罚。有的还受到过于严厉的惩处，甚至被处以极刑。如冬官又正丞相陈宗扬夫妇，因偶犯“天条”私合，又欲勾引他人，即被一同处斩。天官正丞相曾水源及东殿吏部一尚书李寿春，因听女官议论“东王若升天，尔们为官的都难了”这句话未予告发、驳斥，先是由天父下令锁押东牢，旋即又由天父二度下凡命令立即斩首示众。1856年7月17日（太平天国丙辰六年六月初九日）天父下凡时，甚至连洪秀全的二哥洪仁达也被下令锁押东牢。而此时距天父最后一次下凡仅一个月时间。

　　在日常的为人处事中，杨秀清与韦昌辉、石达开等首义诸王及其他高层人士也不融洽。

　　《贼情汇纂》在论述杨秀清与韦昌辉的关系时说：

　　昌辉曾读书，小有才，为杨秀清所忌，虽封伪王，事杨贼为谨。……昌辉位下杨贼一等，其奸诈相似，阳下之而阴欲夺其权，故杨贼加意防范。咸丰甲寅五月，杨贼命昌辉上犯湖北，令下多日，杨贼私嘱群下禀奏挽留，佯作不准，濒行，忽改遣韦俊韦俊、黄再兴等。八月复令昌辉赴湖北、安徽，行次采石，杨贼复下令调回，改遣石达开往。张子朋激变水营，杨贼杖昌辉数百，至不能兴。又诡称天父附体，时挫折之。张德坚：《贼情汇纂》卷一，见丛刊《太平天国》（三），48页。