翼王石达开仅带卫天侯曾锦谦、春官正丞相张遂谋等少数人员赶回天京，于1856年9月26日（太平天国丙辰六年八月二十日，咸丰六年八月二十八日）进城。石达开回京时间据汪士铎《乙丙日记》卷三，24页。此时太平天国首都的肃杀氛围，已不可能让他为杨秀清及其主要助手们说什么公道话，但他还是为东王的广大无辜部属请命，“计及免杀之事”。已杀红了眼的北王韦昌辉根本听不进去，甚至起意要杀石达开。翼王见事机不好，连夜缒城逃往安庆。他在天京城里所逗留的时间大概还不到一天。据李秀成说：

　　“后翼王在湖北红（洪）山，知到（道）京城害杀许多之人，在湖北红（洪）山营中，带同曾锦兼（谦）、张瑞（遂）谋狼辈（狈）赶回京都，计及免杀之事。不意北王顷起他心，又要将翼王所杀。后翼王得悉此事，吊城由小南门而出，走上安省计议报仇。〈此时北王将翼王全家杀了。〉后移红（洪）山之军下攻救宁国。”《李秀成书供原稿》，第七叶上。

　　时人的记述大致相同：

　　“翼贼归……不得入，射书城上，转请于北贼，令只身入。入即见洪贼，得其情。然后见北贼，语不合，知有害己意，俟暮缒城出。”张汝南：《金陵省难纪略》，见丛刊《太平天国》（四），704页。

　　那两位欧洲目击者的叙述要稍详些：

　　约在第二位（即杨秀清）被杀的六周后，第六位（即石达开）和他的部分人马进了城，赶往第一位（即洪秀全）处，在那里与第五位（即韦昌辉）和第七位（即秦日纲）相遇。第五位和第七位给他看了他们的行动记录，第六位说：“你们为什么杀了这么多为我们作战的长发兄弟？难道第二位和他的几个要员的死还不能使你们满足吗？”第五位回答说：“你是贼！”第六位回敬道：“你也是贼！我们都在为同一个事业战斗，因此我们都是贼。”第六位接着说：“既然你们已一意孤行到如此地步，你可以自己了结这件事，这与我根本不相干。”当夜，他悄悄地集合了他的部队来到西门，但因未经第五位的许可而被拒绝通行。他便杀了门卫，同他的大部分属下出了城。如果那天夜里他没有出城，他就会被斩。不少人也乘机出了城。第二天早上，全城处于极度的骚动状态，每个人都携带着武器。他们四处出动，欲逮捕第六位，但不能断定他走的是哪条路。他们洗劫了他的住宅，杀死了他的妻子和小孩，以及夜间没有出走的他的所有部下。

　　这两位欧洲目击者说翼王回京时间是在东王被杀的6个星期以后，则应当在10月14日前后，与前引9月26日相差两个多星期，因无更多资料加以判别，可与前一说两存。但其说翼王在西门“斩关而出”，与中文资料（包括《李秀成书供原稿》）均说翼王“缒城而出”不同，有可能是出于想当然。即如其所说第二天早上北王在全城搜捕，且不能确知其出走路线的情节来看，翼王也不可能是“斩关而出”，因为那样一来，北王即可轻易地断定他已出城，并分析其出走的大致路线。

　　有记载说：韦昌辉在石达开逃离天京后，果然率众围攻翼王府，但没有找到石达开，怀疑其在洪秀全处，便将石达开的妻小押至天朝宫殿，要挟洪秀全。“洪力白其无，乃杀之，暴示翼贼反顾偏心罪，悬赏格，有得翼贼者，官丞相，金六百两。”张汝南：《金陵省难纪略》，见丛刊《太平天国》（四），704页。

　　这段记载有含混之处，从中并不能准确判定下令杀翼王家属和悬赏格购其首级的究竟是韦还是洪。清朝方面的情报表明，悬赏是以洪秀全的名义发出的。咸丰帝的上谕指出：

　　据福济奏，有石达开现踞安、桐之语。朕闻金陵贼党内乱，杨逆被杀，石逆不服，逃出金陵。洪逆现悬重赏购其首级，石逆之不返金陵，金陵之不助石逆已可概见。既据该抚探知，该逆现在安（庆）、桐（城）一带，急当乘其众心涣散之时，督饬兵勇，一鼓歼捦。《寄谕和春等著饬红单船听候福济调遣并督兵歼擒石达开》，见《清政府镇压太平天国档案史料》第19册，14页。

　　天京城内的屠杀仍在继续，死难者除东王部属外，又增加了翼王的家人和部属。而这一切，不管是否出于韦昌辉的胁迫，毕竟都是洪秀全认可的。

　　浙江巡抚何桂清于10月4日（咸丰六年九月初六日）奏报说：

　　“再，臣闻八月中旬后，即据各路探报均称：金陵贼首于七月二十二日起闭城自相戕害，首逆杨秀清已被韦逆杀毙，凡杨逆党与均多被杀，一月有余尚未开城语。臣初闻之未敢深信，半月以来，又接各营探报，皆称确有是事。”《何桂清奏报金陵内部自相戕害杨秀清被诛等情片》，见《清政府镇压太平天国档案史料》第18册，640页。

　　新任督办江南军务的钦差大臣和春于10月20日（咸丰六年九月二十二日）得抵丹阳大营。他于4天后奏报说：“现闻各首逆在金陵城内自相残杀，连日大江流出浮尸不少，是其恶贯满盈，故天夺其魄?诚为难得之机。”《和春奏报行抵丹阳接受钦差大臣关防八赴句容督剿片》，见《清政府镇压太平天国档案史料》第18册，660页。