接下来的5个月出现了难得的沉寂，关于转让南京新百全部国家股的谈判在金鹰系与政府之间悄悄地进行。进入11月，南京新百再次被推到了风口浪尖。

　　11月4日，南京市国资管理部门领导周发亮受上级委派向南京新百领导层宣布，南京新百国家股转让协议已拟订，要求南京新百公司在11月15日前接受并且完成审计工作，以确定最终转让的资产数值。

　　协议是老股东与新股东商定的，其他人对协议内容一无所知。有管理层代表员工向国资部门询问员工安置方案，当时未得到明确答复，只是表示将把问题记录并向上级反映。

　　在随后的几天里，南京市几家报纸对此事进行了报道。消息开始在南京新百的员工中传播。原本，南京新百员工对政府将自己为之服务的公司作为“1”与劣质资产“X”搭售就颇为反感，现在更是觉得“政府和金鹰之间是不是有什么秘密协议”。更有媒体报道：金鹰从南京新百划走9000多万元用于支付新百集团下属企业员工安置费事项。南京新百员工的怒火在上升。

　　11月11日上午9点，政府委派的审计人员来到南京新百进行审计。南京新百员工被要求盘点查账（新百每月的盘点日是25日），这又引起了员工的不满。

　　上午10点，《南京日报》上一篇名为《新百集团新任董事长亮相答疑》的新闻报道在新百员工中传阅。该报道是对刚刚接替王恒出任新百集团董事长的李桂菊的一篇专访。针对南京新百国家股转让的情况，李桂菊表示政府的承诺不会变，金鹰受让南京新百国家股的决心不会变，完成受让的时间也不会过长。

　　“政府的承诺”这一说法再次让南京新百员工联想到“秘密协议”。酝酿多日的“火山”，这次被激发了。南京新百员工们群情激昂，于是自发关门，以闭门不营业的方式表示抗议。

　　南京新街口百货大楼52年来第一次拒绝开门做生意。熙来攘往的人流对商店闭门谢客、大门紧锁这“破天荒”的宁静报以狐疑的眼光，不知道究竟发生了什么事。

　　事态的发展让所有人都措手不及。当天，南京市政府采取了积极的措施，安排一位副秘书长来到新百与员工对话。

　　南京市政府当晚连夜开会，商讨问题处理方案。这次一直持续到12日凌晨的会议，达成了6点处理意见。

　　天一亮，有关方面以“南京市新百改革工作领导小组”的名义，发布了“告新百职工书”（针对上市公司南京新百员工）， 申明了政府的相关意见：

　　南京市常务副市长陈家宝和副市长蒋裕德都来到新街口百货大楼，传达政府的意见，并听取员工的意见。陈家宝还宣布，南京新百改制暂停。

　　12日这天，新街口百货大楼虽然恢复开门营业，大楼里少了许多顾客，却多了政府派来了“维持秩序”的警察。自动扶梯停运，一楼的珠宝和化妆品柜台空空如也，看不到营业员的身影，家电柜台找不到收银员...

　　从12日这天开始，由南京国资委、南京商贸局等6个政府部门组成的“新百改革工作领导小组” 开始派人在新街口百货大楼办公，听取员工意见。南京市政府及时的处理，使事态很快得以平息。

　　11月26日，南京新百发布澄清公告，披露了“关门”事件及对公司的影响，同时披露了向关联方提供资金和担保的情况，否认了金鹰系占款9000万元的说法。

　　一场风波暂告一段落，留下的问题却值得思考，国家股转让是否需要通过职工代表大会？

　　一方面，南京新百作为按现代企业制度组建的上市公司，股权转让是股东的事情，应该召开的是股东大会，而不是职工代表大会。作为企业的员工，本无权介入。

　　但是另一方面，南京新百在组建上市公司时，限于当时的政策法规，员工仍保留“国企职工身份”。国家股转让，就意味着“国企职工身份”的消失。员工应重新和企业确定劳动关系，获得经济补偿。从这个意义上讲，员工有权介入。