1997年11月，在全国金融工作会议上，中国人民银行的管理体制改革再次提上日程。中共中央《关于深化金融改革、整顿金融秩序、防范金融风险的通知》（中发[1997]19号）决定：“为了有效实施货币政策，切实加强对金融业的监督管理，要尽快改变中国人民银行分支机构按行政区划设置的状况，有计划、有步骤地撤销中国人民银行省级分行，在全国设置若干跨省、自治区、直辖市的一级分行，重点加强对辖区内金融业监督管理。”

　　1998年，中国人民银行相继开始了总行内设机构及其职能的调整工作和管理体制的改革。

　　5月至8月，中国人民银行统一组织开展总行内设机构及其职能调整的工作：

　　第一，调整职能。根据《中国人民银行法》的规定，将不属于中央银行的业务划出，将证券监管职能划归中国证监会；将保险业监管职能划归中国保监会；将亚洲开发银行业务划归财政部；

　　第二，内设机构调整。1994年以后，中国人民银行为了加强分业管理，按照金融机构的类别，设立了银行司、非银行金融机构司、保险司、外资金融机构管理司、农村合作金融管理司、稽核监督局。监管司主要负责金融机构的市场准入审批和非现场监管，稽核监督局主要负责金融机构的现场检查，这种机构设置与职责分工，提高了对金融机构监督管理的专业化水平，但不利于对法人的全过程监管。1998年7月后，对内设监管部门进行了调整，重点是撤销稽核监督局、外资金融机构管理司，对同类金融机构的内外资，现场和非现场，本、外币实行统一监管，对从市场准入、业务经营到市场退出实行统一管理；设立了银行监管一司、银行监管二司；为加强自我约束，设立了内审司；为集中人民银行的研究力量，完善中央银行决策机制，设立了研究局。

　　内设机构调整之后，中国人民银行总行的四个监管司分别为：银行监管一司、银行监管二司、非银行金融机构监管司和合作金融机构监管司。

　　通过这次改革，中国人民银行进一步加强了金融监管、宏观经济调控、金融研究和内部审计职能，缩减了内设司局、处室和人员。这次改革，基本上达到了机构精简、结构优化、素质改善、效率提高的目的。

　　内设机构及其职能调整的工作完成之后，1998年11月，中国人民银行在北京召开全国分行行长会议，中国人民银行管理体制改革的工作开始全面启动。撤销人民银行省级分行，跨行政区设置分行。国务院副总理温家宝到会并做重要讲话。他指出：

　　“中央银行是金融体系的核心，中央银行管理体制的改革事关整个经济体制改革和宏观调控的大局。随着金融体制改革的深入和金融市场的发展，现行管理体制已经不能适应新形势下中央银行依法履行职责的需要，而且与金融机构业务发展不相适应，改革势在必行。这次改革人民银行管理体制是建立社会主义市场经济体制的必然要求，也是当前加强金融监管的迫切需要。撤销人民银行省级分行，建立九个跨省(自治区、直辖市)分行，有利于增强中央银行执行货币政策的权威性；有利于增强中央银行金融监管的独立性；有利于增强金融监管的统一和效能，在跨省范围内统一调度监管力量，摆脱各方面的干预，严肃查处违规的金融机构和责任人，提高金融监管的效率。这项改革标志着中国金融改革进入了一个新阶段，迈出了重要的一步。”

　　这次改革有以下主要内容：

　　第一，撤销人民银行省级分行。根据地域关联性、经济金融总量和金融监管的要求，在天津、沈阳、上海、南京、济南、武汉、广州、成都、西安9个中心城市设立中国人民银行××(城市名)分行。从1998年11月18日至12月18日，人民银行9家跨省区分行先后挂牌成立。与此同时，撤销了32家人民银行省级分行，精减了地（市）以下分支机构148个、人员6118名。为了保证中央银行工作的连续性和稳定性，确定了“先建后撤”的原则，原省级分行继续履行职能到1998年12月31日，中国人民银行9家跨省（区）分行从1999年1月1日起正式对外履行职能。撤销中国人民银行北京市分行和重庆市分行，分别设立中国人民银行营业管理部和重庆营业管理部，承担原中国人民银行北京市分行和重庆市分行的管理职能。