张居正死后被清算，作为当年反张英雄之一的邹元标，当然被重新叙用。不久他又惹怒皇帝，皇帝让他回家呆着，一呆就是三十年，此间他聚徒讲学，名满天下，被时人看成东林人士的领袖之一。万历死后，只做过一个月皇帝的泰昌帝又跟着死了，木匠皇帝天启登基，他被召回，官做到左都御史——最高的监察官员。此时，当年的愤青邹元标，面对东林人士和其他派别，争夺道德制高点，相互攻讦，他首倡“和衷”，他说，如今当政的人不选贤与能，而是赶走贤能之人，而议论的官员又不能平心静气，而是各立门户。因此最重要的事情是朝臣和衷共济。他在上疏中说，“向之论人论世者，各怀偏见，偏生迷，迷生执，执而为我，不复知有人，祸且移于国。”

　　因此有人觉得奇怪，说他刚当官时那样爱憎分明，不威权势，为什么老了后要和稀泥？认为他已没有年轻时的气节了。邹元标笑道，大臣和言官不一样。风裁卓绝，是言官的本分。而做大臣如果不是大利害大是非的原则性问题，就要想方设法护持国体不动摇，怎么能再像少年那样冲动急躁呢？

　　万历帝削夺了张居正的官爵、谥号，到了熹宗时，大明已千疮百孔，百病绕身，大家才感觉到张居正这个非常之人的难得。正是在邹元标的一再恳求下，皇帝才下旨为张居正平反昭雪，恢复名义，剥夺的官爵谥号又归还给张家。

　　因触怒张居正差点被打死的愤青邹元标，到了官居二品，年近古稀，就要走完漫漫人生路时，已经完全理解当年的张首辅了，这也许是一个愤青成熟的必然，可惜这份理解晚到了四十年。