皇帝下旨对刘台廷杖一百，充军远方。但张居正虽然恨透了刘台，就如他上疏挽留高拱一样，必须摆出一副心胸开阔的姿态。刘台不顾座师的情谊和首辅的权势，冒死直谏，博得了道义上的支持。如果因为上疏弹劾张居正而被廷杖，张居正在舆论上将会更加失分，所以他上疏皇帝替刘台求情，免了刘台的廷杖和流配，仅仅削籍回家。

　　但张居正心中是不会放过刘台的，他必须找一个合适的借口整治刘台，而贪赃枉法等腐败问题，往往是打击报复政敌最佳的方式，因为贪官谁都恨，因腐败被处罚没谁会同情。刘台巡按辽东时，和辽东的巡抚张学颜合不来，——明代的巡抚和巡按不合，清代的总督和巡抚不合是常态，因为谁都想说了算。而张巡抚此时已调到户部做官了，他知道张首辅痛恨刘台，便诬告刘台曾经私下里收取罪犯的罚金替人免除刑罚，张居正如获至宝呀，派御史去辽东查核，同时派自己的亲信王宗载去刘台老家江西做巡抚，搜集他在老家不法之事。这些人都是张居正授意的，他们要拼命讨好张居正，周纳罗织，何愁没有“证据”？于是刘台以贪污腐败之罪流配广西，他的父亲和弟弟都受到了牵连。刘台后来死在流放的地方，巧合的是，他恰好与张居正死在同一天，这一对冤家师生好像约好似的。张居正一死，便有人上疏替他抱不平，刘台的案件再复查，纯系冤案，当年诬陷他的官员被处分，他得以平反昭雪，赠官荫子，反正是中国传统平反游戏的老一套，没啥新鲜的。

　　除了控制朝廷言官外，张居正还想办法控制民间的舆论。最主要的做法是重申明太祖朱元璋的《卧碑文》，即天下百工技艺之人，都可以议论朝政，唯独不许生员（取得秀才资格的学生）谈论国事。因为他担心在朝廷对言路的钳制，会引起民间那些还没有出仕的知识分子反弹。并在万历七年，下令毁掉天下书院，首当其冲的是常州府龙城书院。后来举办东林书院的民间士人领袖顾宪成，还没有中举时曾在龙城书院学习过，龙城书院是江南一代士子们相互切磋、关心国家大事的一种象征。张居正此举，实际上是和天下士人为敌，自然也引起顾宪成这类要求广开言路的知识分子反感和抵触，也使他死后被万历帝清算、改革人亡政息具有某种群众基础。

　　但张居正当权时，可不顾了这么多，他用独断专行的法家手段，短时间内成功地钳制了朝野的言路，使人不能对他的改革说三道四。