万历帝虽然需要申时行这些元老替自己扛活，但他不愿意辅臣们的权力太大，尽管申时行小心翼翼摆出一副听话的小媳妇模样，但万历帝还要不时敲打申时行等人，他被张居正压抑得太久了。

　　提拔少壮派，来压制元老派，往往是皇帝或一把手的惯用手法，万历帝也是这么干的。

　　万历帝最器重的少壮派御史是李植、江东之、羊可立，这三人在清算张居正、驱逐冯保的政治运动中立下了汗马功劳。这一目的达到后，万历帝还需要这些人来造元老们的反，使这些曾受张居正恩惠的大官们噤若寒蝉，对皇帝唯唯诺诺。有了万岁爷的支持，这些言官们更是鼻孔朝天，不把那些元老放在眼里。

　　当年张居正当权时，应天乡试的主考官高启愚出的试题照例是四书中的一句：“舜亦以命禹”，到了万历十二年（1584），御史丁此吕上疏算历史旧账，说这是暗含让皇帝禅位给张居正的险恶用心。——凡是文字狱其实都是无耻文人出的馊主意，皇帝没这么敏感。这样的牵强附会实在太不靠谱了，吏部尚书杨巍驳斥这种谬说。万历帝毕竟不是清朝的皇帝，明白这种说法实在联想太丰富了，下旨训斥：“言官论列，须审雅正，据实秉公，岂可逞臆造言，诬善乱政。”本来皇帝是让丁此吕调到京外，但他所器重江东之、李植等人跟进附和丁此吕之说，王士性更是弹劾杨巍阿媚阁臣，阻塞言路。这王士性学问是相当不错的，写过一本很有价值的人文地理书《广志绎》。几位少壮派言官结成统一战线，猛烈向元老们开火，皇帝还需要这些言官替自己冲锋陷阵。于是改变了初衷，留任了丁此吕，而让丁所弹劾的高启愚闲住——相当于保留级别却不管政事。这下，把一帮元老级高级官员惹怒了，他们认为皇帝偏袒这些造反派言官，以首辅申时行、次辅（第一副总理）许国以及吏部尚书杨巍上疏乞休，许国更是指出这帮御史是“浮薄轻进好言喜事之人”，紧接着，户部尚书、刑部尚书、工部尚书、左都御史、吏部两位侍郎、工部两位侍郎，左副都御史、大理寺卿纷纷上书，挽留申时行，斥责言官。

　　这些少壮派言官可不是好惹的，明太祖当初用小官监督大官的监察制度，很有威力，李植纠集一帮言官，上疏说这些大臣挽留宰辅是树党。大臣和言官分成两派，互相攻讦，朝局乱了起来。

　　也许文官集团内部有一定的分裂和冲突，是皇帝愿意看到的事情，皇帝并没有立刻采取措施平息这种局面。因为曾治理黄河取得罕见政绩的刑部尚书潘季驯上疏为张居正说了两句公道话，李植揣测皇帝不高兴，上疏弹劾潘季驯，潘被削职为民。万历帝为了奖赏这些敢于冲锋的言官，亲自下诏给吏部，提拔李植为太仆寺少卿（正四品），江东之为光禄寺少卿（正五品），羊可立为尚宝司少卿（从五品），在此之前，他们都只是七品御史。受到皇帝犒赏的少壮派，这下攻击弹劾那些元老的积极性更高了。以为自己以笔为刀，横扫千军，没有他们扳不倒的元老。

　　申时行等一帮元老们，久历宦海，经验老到，他们知道这些少壮派有皇帝的支持，气焰嚣张不可正面接招。就像《水浒传》中林冲和洪教头比武一样，不管洪教头如何张牙舞爪，气势汹汹，林冲以静制动，寻找对方的破绽。

　　前文曾说道，亲政后的万历帝摆出一副要有所作为的样子，万历十三年（1585）春夏之交华北大旱，皇帝步行到天坛，冒着酷暑求雨。按照董仲舒等人倡导的天人感应之说，凡有大旱等天灾，往往是上天对执政者示警，警告天子朝政出现了问题，那么不是从皇帝自身找原因，就是从臣僚身上找原因。御史中间也有看人看不惯李植等人趾高气扬的样子，江西道狱史蔡系周上疏弹劾李植，说“古者朝有权臣，狱有冤囚，则旱。”他把大旱的原因归结为李植等人的乱政，以及原刑部尚书被冤枉。而且还把李植得意洋洋给众官吹牛皮的话讲给皇帝听。李植说皇帝呼他为儿子，对他如何如何宠爱等等。在同事面前公开夸耀一把手和自己亲密关系，现在也是很犯忌的事情，皇帝知道了当然会不舒服。将旱灾和奸臣联系起来，也是瞎扯，可李植等人弹劾别的官员也是这样牵扯唯恐不及，真是可怜剃头者，人亦剃其头。另一位御史孙愈贤跟着上疏，赞同蔡系周的观点。李植等人当然要回击，羊可立上疏攻击蔡、孙两御史是张居正、冯保的余党。一时间，朝廷又是互相攻讦，唾沫遍地，申时行这些元老当然支持蔡御史等人。